Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaacatttttactaatttgtgcattctcgttattttaaaccccacagaagatatatatatgctttaataataatgtaattttttattttatggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATCACCAGATAGTCATCCGAGCCATTCCTTTCAAGACAAGGGCTTAGGCTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G01860.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G01860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os04g47220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
aaacatttttac-taatttgtgcattctcgttattttaaaccccacagaagatatatatatgcttt--aataataatgtaattttttattttatggtt-tacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATCACCAGATAGTCATCCGAGCCATTCCTTTCAAGACAAGGGCTTAGGCTC
    |||  |   | ||  ||  |   || ||| |    ||   |  ||  |     |  |  ||   |  | |||       |   ||||  ||||| | |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||  | || |||||| | |||||| | || ||||| |||||||  ||| | ||  || 
---tattactgtatgataagtctaca-tcattagtgaggacatgattgagcaatggcacttaattacaagcactaactcccgctgcaatttgctggttctgcagTGGATCTTCTGGGTTGGCCCCTTCATTGGCGCTGCCCTTGCTGCCATCTACCACCAGGTGGTCATCAGGGCAATTCCATTCAAGAGCAGGTCGTAACCTG

upper sequence: GLYMA08G01860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv15s0046g02420.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
aaacatttttactaatttgtgcattctcgttattttaaaccccacagaagatatat--atatgctttaataataatgtaattttttattttatggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATCACCAGATAGTCATCCGAGCCATTCCTTTCAAGACAAGGGCTTAGGCTC
       |   ||   |  |     |   | | ||   | | ||      || | |  || ||| ||  || | || | ||| ||| | || |    | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||| ||| ||||||| || |||||||| || || |  |   
------gtaagctccatgatcagacccaatcacttctcatctcatcatttatctgtgaatctgccttg-tattgatttcattcttt-tgttgttcccttcagTGGATTTTCTGGGTTGGACCCTTCATTGGAGCTGCTCTTGCTGCCTTGTACCACCAGATAGTAATCAGAGCCATCCCATTCAAGACCAGAGCCTGAGAAA

upper sequence: GLYMA08G01860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv15s0046g02410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
--aaacatttttactaatttgt--gcattctcgttattttaaaccccacagaagatatatatatgctttaataataatgtaattttttattttatggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATCACCAGATAGTCATCCGAGCCATTCCTTTCAAGACAAGGGCTTAGGCTC
  ||        | |  | | |  | |  | |  ||  ||   |  | |   |  ||| | |     | | |  || ||   |  ||  | || |      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||| |  |||| ||||||||||||||| |||| || || |||||||| || || |  |   
gtaagtgaaaacattgctctataagaagacccaatagcttct-catctcgtcatctatctgtgaatctgacttgtattgatttcattcttgttgttcccatcagTGGATTTTCTGGGTTGGACCCTTCATTGGAGCTACTCTGGCTACCTTGTACCACCAGATAGTCATCAGAGCTATCCCATTCAAGACCAGAGCCTGAGAAA

upper sequence: GLYMA08G01860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv02s0025g03390.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
--aaacatttttacta-------atttgtgcattctcgttattttaaaccccacagaagatatatatatgctttaat--aa-----taatgtaattttttattttatggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATCACCAGATAGTCATCCGAGCCATTCCTTTCAAGACAAGGGCTTAGGCTC
  |    |||| |  |       |       |     |  |||||  | ||       | || || |  | || | |  ||     || ||| | ||||| || | | | || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||| || |||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||  | | 
gtaggtgttttgatgagaaaaaaaaaaaaaaacctaaggaattttgcatcctttgatggttaaat-tgagtttcagttcaagttcttattgtgacttttt-ttctcttgctttcagTGGATCTTCTGGGTGGGACCGTTCATTGGAGCTGCTCTTGCTGCCATGTACCAGCAGATAGTCATCAGAGCCATTCCATTCAAGAGCAGGGCTTGAGATT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208171563|gb|GD967130.1|GD967130
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGG
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGG
EST: gi|8825821|gb|BE209551.1|BE209551
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGTCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|209713451|gb|BW679253.1|BW679253
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193435590|gb|FK401966.1|FK401966
EST:     TCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCAATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: TCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACC-ATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|208036320|gb|GD835565.1|GD835565
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|208207956|gb|GE002949.1|GE002949
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31473970|gb|CD415998.1|CD415998
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCAATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTA
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCA-TTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTA
EST: gi|31473068|gb|CD415096.1|CD415096
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|192297999|gb|FG988413.1|FG988413
EST:     GTCTCGGAGCTGTCATCATCTACA-CAGAGAC-ATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGT-GGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|6964336|gb|AW433029.1|AW433029
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|208185795|gb|GD983820.1|GD983820
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|10232248|gb|BE801136.1|BE801136
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31457966|gb|CD399994.1|CD399994
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATTATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193304092|gb|FK271185.1|FK271185
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGA
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGA
EST: gi|193339892|gb|FK306583.1|FK306583
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|214008371|gb|DB986313.1|DB986313
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|208281596|gb|GE078532.1|GE078532
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31465520|gb|CD407548.1|CD407548
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATTATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|208049824|gb|GD849707.1|GD849707
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31463980|gb|CD406008.1|CD406008
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGATTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193379777|gb|FK345335.1|FK345335
EST:     TCTCGGAGCTGCCAATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: TCTCGGAGCTGCCA-TCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31466573|gb|CD408601.1|CD408601
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31311203|gb|CD396406.1|CD396406
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATAATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193307898|gb|FK271542.1|FK271542
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193385277|gb|FK352739.1|FK352739
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTA
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTT-CTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTA
EST: gi|193553366|gb|FK509989.1|FK509989
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31305582|gb|CD390785.1|CD390785
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193346607|gb|FK311779.1|FK311779
EST:     ACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: ACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|22522357|gb|BU081168.1|BU081168
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193690171|gb|FK627986.1|FK627986
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193647547|gb|FK587986.1|FK587986
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|208288505|gb|GE088774.1|GE088774
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31464161|gb|CD406189.1|CD406189
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31560937|gb|CD486775.1|CD486775
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|6726487|gb|AW310841.1|AW310841
EST:     GTCTTGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGATGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|16346247|gb|BI971842.1|BI971842
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|208291147|gb|GE085535.1|GE085535
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|6725948|gb|AW310347.1|AW310347
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|6095240|gb|AW119907.1|AW119907
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGT-GGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|151401852|gb|EV271665.1|EV271665
EST:     CTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: CTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193694425|gb|FK629569.1|FK629569
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193619596|gb|FK572612.1|FK572612
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31473817|gb|CD415845.1|CD415845
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193599617|gb|FK552518.1|FK552518
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|192330400|gb|FK022615.1|FK022615
EST:     GTTTCGGAGCTGCCATCATTTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTTTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGCGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|208122527|gb|GD925375.1|GD925375
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193479368|gb|FK445049.1|FK445049
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193351184|gb|FK316746.1|FK316746
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTTCTGGGTTGGACCTTT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTT-CTGGGTTGGACCTTT
EST: gi|31463750|gb|CD405778.1|CD405778
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATTATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31461519|gb|CD403547.1|CD403547
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193405313|gb|FK372634.1|FK372634
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|7590667|gb|AW706477.1|AW706477
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193322086|gb|FK287006.1|FK287006
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31458370|gb|CD400398.1|CD400398
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193415677|gb|FK380623.1|FK380623
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|10710525|gb|BF010243.1|BF010243
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193639467|gb|FK585708.1|FK585708
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|208152245|gb|GD947446.1|GD947446
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|5175514|gb|AI759847.1|AI759847
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|19938517|gb|BQ081757.1|BQ081757
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|7233370|gb|AW568717.1|AW568717
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31472445|gb|CD414473.1|CD414473
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATTATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|193360364|gb|FK325134.1|FK325134
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|207846232|gb|GD818027.1|GD818027
EST:     GTCTCGGATCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31468209|gb|CD410237.1|CD410237
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|31307468|gb|CD392671.1|CD392671
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|192298833|gb|FG988654.1|FG988654
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACA-CAGAGAC-ATGTATGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGT
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGT
EST: gi|208024833|gb|GD826507.1|GD826507
EST:     TGGGATGACCAA                         TGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
genomic: TGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTAT
EST: gi|6095052|gb|AW119719.1|AW119719
EST:     GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAA                         TGGGATTT-CTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTA
genomic: GTCTCGGAGCTGCCATCATCTACAACAGAGACCATGCATGGGATGACCAAgtatgttttt ... tggtttacagTGG-ATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agaagatatatatatgctttaataataatgtaattttttattttatggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATCACCAGATAGTCATCCGAGCCATTCCTTTCAAGACAAGGGCTTAGGCTC
                ctttaat  putative branch site (score: 4)
     atatatatatgcttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaacatttttactaatttgtgcattctcgttattttaaaccccacagaagatatatatatgctttaataataatgtaattttttattttatggtttacagTGGATTTTCTGGGTTGGACCTTTCATTGGAGCTGCCCTTGCTGCTGTGTATCACCAGATAGTCATCCGAGCCATTCCTTTCAAGACAAGGGCTTAGGCTC

- - - - - - - - - - gcattct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccccaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatatgc