1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gacaacaattatttttcggtatatatgaaacatgttatggctgtttttaggggaataatttacaagattctacatgcttaattaatttatgcattaacagGAATCTCAGAAGCTGGCTCTTGCAGAGTCAACAGGCCTGGATCAGAAGCAAATTAACAACTGGTTTATCAATCAAAGGAAGAGGCACTGGAAGCCTTCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G39350.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACAATTACTTGAATGGTGGAGCAGACACTACAAATGGCCTTACCCATCT GAATCTCAGAAGCTGGCTCTTGCAGAGTCAACAGGCCTGGATCAGAAGCAAEST: gi|7028237|gb|AW458020.1|AW458020
genomic: AACAATTACTTGAATGGTGGAGCAGACACTACAAATGGCCTTACCCATCTgtatgttgca ... gcattaacagGAATCTCAGAAGCTGGCTCTTGCAGAGTCAACAGGCCTGGATCAGAAGCAA
EST: ACTTGAATGGTGGAGCAGACACTACAAATGGCCTTACCCATCT GAATCTCAGAAGCTGGCTCTTGCAGAGTCAACAGGCCTGGATCAGAAGCAA
genomic: ACTTGAATGGTGGAGCAGACACTACAAATGGCCTTACCCATCTgtatgttgca ... gcattaacagGAATCTCAGAAGCTGGCTCTTGCAGAGTCAACAGGCCTGGATCAGAAGCAA
tttaggggaataatttacaagattctacatgcttaattaatttatgcattaacagGAATCTCAGAAGCTGGCTCTTGCAGAGTCAACAGGCCTGGATCAGAAGCAAATTAACAACTGGTTTATCAATCAAAGGAAGAGGCACTGGAAGCCTTCAG
aattaat putative branch site (score: 3)
ttaattaatttatgca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gacaacaattatttttcggtatatatgaaacatgttatggctgtttttaggggaataatttacaagattctacatgcttaattaatttatgcattaacagGAATCTCAGAAGCTGGCTCTTGCAGAGTCAACAGGCCTGGATCAGAAGCAAATTAACAACTGGTTTATCAATCAAAGGAAGAGGCACTGGAAGCCTTCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - tgttatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatgct