1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tgataaaagagcctttgtatacttcatattagaagtacatgattggaattatattaagctaaaatgaattgttgcatgacgaggtgcacctttatggcagGCTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAGTCATGCAATGGGAGTGAAAATTATTGCCGATGTCATAGTAGTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G36360.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGTGATCACATAGAGATTCAATGGAGGAGAAACAAAGAATTTCCTTATG GCTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAGTCATGCAATGGGAGTGAAAEST: gi|7283576|gb|AW596182.1|AW596182
genomic: GGGTGATCACATAGAGATTCAATGGAGGAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtttgtgcct ... tttatggcagGCTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAGTCATGCAATGGGAGTGAAA
EST: GGGTGATCACATAGAGATTCAATGGAGGAGAAACAAAGAATTTCCTTATG GCTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAGTCATGCAATGGGAGTGAAAEST: gi|58021453|gb|CX708194.1|CX708194
genomic: GGGTGATCACATAGAGATTCAATGGAGGAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtttgtgcct ... tttatggcagGCTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAGTCATGCAATGGGAGTGAAA
EST: GGGTGATCACATAGAGATTCAATGGAGGAGAAACAAAGAATTTCCTTATG GCTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAGTCATGCAATGGGAGTGAAAEST: gi|9204148|gb|BE330372.1|BE330372
genomic: GGGTGATCACATAGAGATTCAATGGAGGAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtttgtgcct ... tttatggcagGCTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAGTCATGCAATGGGAGTGAAA
EST: GGGTGATCACATAGAGATTCAATGGAGGAGAAACAAAGAATTTCCTTATG GCTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAGTCATGCAATGGGAGTGAAA
genomic: GGGTGATCACATAGAGATTCAATGGAGGAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtttgtgcct ... tttatggcagGCTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAGTCATGCAATGGGAGTGAAA
gaattatattaagctaaaatgaattgttgcatgacgaggtgcacctttatggcagGCTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAGTCATGCAATGGGAGTGAAAATTATTGCCGATGTCATAGTAGTG
agctaaa putative branch site (score: 3)
caccttt putative PPT
atattaagctaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgataaaagagcctttgtatacttcatattagaagtacatgattggaattatattaagctaaaatgaattgttgcatgacgaggtgcacctttatggcagGCTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAGTCATGCAATGGGAGTGAAAATTATTGCCGATGTCATAGTAGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - gcctttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tacatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aggtgca