1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' |
...tgttgaatctcacacacaaaatagcagaattagacttagtgttatctatttactttcttatattaataattgaaataaatttaatggttgttattttcagATACTTGGTTTCTTCTGTGCTGGTGTGGTACTCAATCAGTTTGGTTTAATTAGAAACCTTACAGATGTTAAAGTTTTATCCGAATGGGGGATCCTTTTCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G30360.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGTGACCGTCTTAATTGTGCCTACATTCAAGTCACTTAAAGCCAGTCCT ATACTTGGTTTCTTCTGTGCTGGTGTGGTACTCAATCAGTTTGGTTTAATTEST: gi|213597656|gb|DB962566.1|DB962566
genomic: CTGTGACCGTCTTAATTGTGCCTACATTCAAGTCACTTAAAGCCAGTCCTgtaagaagtt ... ttattttcagATACTTGGTTTCTTCTGTGCTGGTGTGGTACTCAATCAGTTTGGTTTAATT
EST: CTGTGACCGTCTTAATTGTGCCTACATTCAAGTCACTTAAAGCCAGTCCT ATACTTGGTTTCTTCTGTGCTGGTGTGGTACTCAATCAGTTTGGTTTAATTEST: gi|209708250|gb|BW678620.1|BW678620
genomic: CTGTGACCGTCTTAATTGTGCCTACATTCAAGTCACTTAAAGCCAGTCCTgtaagaagtt ... ttattttcagATACTTGGTTTCTTCTGTGCTGGTGTGGTACTCAATCAGTTTGGTTTAATT
EST: CTGTGACCGTCTTAATTGTGCCTACATTCAAGTCACTTAAAGCCAGTCCT ATACTTGGTTTCTTCTGTGCTG
genomic: CTGTGACCGTCTTAATTGTGCCTACATTCAAGTCACTTAAAGCCAGTCCTgtaagaagtt ... ttattttcagATACTTGGTTTCTTCTGTGCTG
ctatttactttcttatattaataattgaaataaatttaatggttgttattttcagATACTTGGTTTCTTCTGTGCTGGTGTGGTACTCAATCAGTTTGGTTTAATTAGAAACCTTACAGATGTTAAAGTTTTATCCGAATGGGGGATCCTTTTCT
ttattttc CT-rich tract
ttatattaataattga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgttgaatctcacacacaaaatagcagaattagacttagtgttatctatttactttcttatattaataattgaaataaatttaatggttgttattttcagATACTTGGTTTCTTCTGTGCTGGTGTGGTACTCAATCAGTTTGGTTTAATTAGAAACCTTACAGATGTTAAAGTTTTATCCGAATGGGGGATCCTTTTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
tgttgaa
- - - - - -acacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - cttagtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaataaa