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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttgctgatgctgagactgagaactctgcctcagccccagtatacttgatgccattgtgcactgcctgcatagctgatttgtgcttgttttttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGATATCTTGTGGGAGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G12980.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G12980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv15s0021g00830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
-tttgctgatgctgagactgaga-actctgcctcagccccagtatacttgatgccattgtgcactgcctgcatagctgatttgtgcttgttttttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGATATCTTGTGGGAGAA
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ctatgccttagacaagtctaacttgttctaactgtatatgccaagaacacacacc-ctgtttataagctgttacgctgatgtgaaat-gctttgtgctgcagAAATCATCTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAATCTGCTGTTAAATTTGAGCGATACCTTATGGGGGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31457646|gb|CD399674.1|CD399674
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|208329550|gb|GE132615.1|GE132615
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCC
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCC
EST: gi|31462596|gb|CD404624.1|CD404624
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|31306116|gb|CD391319.1|CD391319
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|298171825|gb|HO021417.1|HO021417
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCCATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|31457042|gb|CD399070.1|CD399070
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|31457464|gb|CD399492.1|CD399492
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|7796078|gb|AW781475.1|AW781475
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|192331548|gb|FK023424.1|FK023424
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|22927863|gb|BU545002.1|BU545002
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|7686605|gb|AW757253.1|AW757253
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|31467620|gb|CD409648.1|CD409648
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|15662434|gb|BI699805.1|BI699805
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|31474830|gb|CD416858.1|CD416858
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|13480517|gb|BG509860.1|BG509860
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTG
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGA-GTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTG
EST: gi|57575286|gb|CX548261.1|CX548261
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|31465644|gb|CD407672.1|CD407672
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|298183238|gb|HO028223.1|HO028223
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|12691356|gb|BG157692.1|BG157692
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|151401940|gb|EV271753.1|EV271753
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|31463797|gb|CD405825.1|CD405825
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|192331547|gb|FK023423.1|FK023423
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|31469331|gb|CD411359.1|CD411359
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|20448813|gb|BQ252937.1|BQ252937
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|26059701|gb|CA802615.1|CA802615
EST:     AGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: AGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|20811574|gb|BQ296052.1|BQ296052
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|192321257|gb|FK014347.1|FK014347
EST:     GGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: GGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|10848296|gb|BF070817.1|BF070817
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|13788822|gb|BG651413.1|BG651413
EST:     GTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: GTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|27445924|gb|CA953047.1|CA953047
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|192314355|gb|FK008381.1|FK008381
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTCCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|31471469|gb|CD413497.1|CD413497
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|31460814|gb|CD402842.1|CD402842
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|192298638|gb|FG990949.1|FG990949
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|209700427|gb|BW664427.1|BW664427
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|31469168|gb|CD411196.1|CD411196
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|10844859|gb|BF068055.1|BF068055
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTG-AGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|13789520|gb|BG652111.1|BG652111
EST:     TTGTACCTCAGGCTGCTAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCANAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|7639234|gb|AW733561.1|AW733561
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|31475239|gb|CD417267.1|CD417267
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|31456084|gb|CD398112.1|CD398112
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|31467937|gb|CD409965.1|CD409965
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|8827741|gb|BE211471.1|BE211471
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGNCTGTTAAATTTGAGCG
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAG-CTGTTAAATTTGAGCG
EST: gi|19271181|gb|BM887437.1|BM887437
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|12690107|gb|BG156443.1|BG156443
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
EST: gi|7284797|gb|AW597222.1|AW597222
EST:     TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGAT                         AAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA
genomic: TTGTACCTCAGGCTGATAGAGTTCTTGTTCGTTTGGAGGAGCTATCAGATgtatgctata ... tttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgatgccattgtgcactgcctgcatagctgatttgtgcttgttttttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGATATCTTGTGGGAGAA
                          agctgat  putative branch site (score: 4)
                                      cttgttttttgctcc  putative PPT
                                       ttgtttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttgctgatgctgagactgagaactctgcctcagccccagtatacttgatgccattgtgcactgcctgcatagctgatttgtgcttgttttttgctccagAAAACAGTTGGTGGAGTTTTGCTGCCCAAGTCAGCTGTTAAATTTGAGCGATATCTTGTGGGAGAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - ctgatgc
- - - - - - - - - - - -ctctgcc
- - - - - - - - - - - - - - - -cagcccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cactgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctgatt