1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...aggaaggaatatttccacaaatttaaaacgtcatttaattatttttgtttttttattgtgtgtgtctttatgttaagaaattattgttttctgttaacagAGCCCAAAAGCAGCTCTCTGCTGTTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGCAGCTCTTGAAGCTCAGCTGAGAAAAATTGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G07970.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTAATGTGAAGGCTTGGGAAGAAAGTGAAAAATCCAAAGCAGAGAATAA AGCCCAAAAGCAGCTCTCTGCTGTTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGCEST: gi|298165824|gb|HO008795.1|HO008795
genomic: TCTAATGTGAAGGCTTGGGAAGAAAGTGAAAAATCCAAAGCAGAGAATAAgtaagtcctt ... ctgttaacagAGCCCAAAAGCAGCTCTCTGCTGTTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGC
EST: TCTAATGTGAAGGCTTGGGAAGAAAGTGAAAAATCCAAAGCAGAGAATAA AGCCCAAAAGCAGCTCTCTGCTGTTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGCEST: gi|298191976|gb|HO036058.1|HO036058
genomic: TCTAATGTGAAGGCTTGGGAAGAAAGTGAAAAATCCAAAGCAGAGAATAAgtaagtcctt ... ctgttaacagAGCCCAAAAGCAGCTCTCTGCTGTTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGC
EST: TCTAATGTGAAGGCTTGGGAAGAAAGTGAAAAATCCAAAGCAGAGAATAA AGCCCAAAAGCAGCTCCCTGCTGTTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGCEST: gi|7283804|gb|AW596406.1|AW596406
genomic: TCTAATGTGAAGGCTTGGGAAGAAAGTGAAAAATCCAAAGCAGAGAATAAgtaagtcctt ... ctgttaacagAGCCCAAAAGCAGCTCTCTGCTGTTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGC
EST: TCTAATGTGAAGGCTTGGGAAGAAAGTGAAAAATCCAAAGCAGAGAATAA AGCCCAAAAGCAGCTCTCTGCTGTTGCTGCTTGGGAGAACAGCAAGAAAGC
genomic: TCTAATGTGAAGGCTTGGGAAGAAAGTGAAAAATCCAAAGCAGAGAATAAgtaagtcctt ... ctgttaacagAGCCCAAAAGCAGCTCTCTGCTGTTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGC
tgtttttttattgtgtgtgtctttatgttaagaaattattgttttctgttaacagAGCCCAAAAGCAGCTCTCTGCTGTTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGCAGCTCTTGAAGCTCAGCTGAGAAAAATTGAG
ttgttttct CT-rich tract
tttatgttaagaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aggaaggaatatttccacaaatttaaaacgtcatttaattatttttgtttttttattgtgtgtgtctttatgttaagaaattattgttttctgttaacagAGCCCAAAAGCAGCTCTCTGCTGTTGCTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGCAGCTCTTGAAGCTCAGCTGAGAAAAATTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - ccacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgtgtg