Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taactattttaaaattatatcatggtgatttctgattagttggcagtgtaaagtctatattgaatgtgttatctttacacaattctttgcatctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTTAAAGGAGATGGAAGATGTTATATATCTACG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G04830.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G04830.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g52720.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
taactattttaaaattatatcatggtgatttctgattagttggcagtgtaaagtctatattgaatgtgttatctttacacaattctttgcatctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTTAAAGGAGATGGAAGATGTTATATATCTACG
         |||| | ||||     || |   || | | |      |||| |  ||||  ||    |     |||      |||  || |  | || |||||| |||| || |||||| | ||| ||||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| 
--------gtaaagtgatattgacttggtcattgctcaatatc---tgtagatgctattatgctgataaaccctt------atttctttctccgtttcagTTTAATGGTTTCATTGATCTTGATGCATATGATACTATAGCGATGAAACTCAGAGGGGATGGAAGATGCTACATATCTACT

upper sequence: GLYMA07G04830.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv09s0002g00680.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
---taactattttaaaattatatcatggtgatttctgattagttggcagtgtaaagtctatattgaatgtgttatctttacacaattctttgcatctt--tgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTTAAAGGAGATGGAAGATGTTATATATCTACG
    ||   ||| |   | || | |         |||  |  |  ||  |    |||  ||    ||  |    | |||| |  ||| | ||||| ||  ||||||||||||| || || |||||||| || |||||||| || ||  | ||  ||||||||||||| |||||||| || ||||| 
gtagaatggtttcattttcatgtgaaaaca--ccctgccttatatgccat---tagtgcatgaacaactttccttatttatatcattatatgcattttgctgcagTTTGATGGATTCATCGATTTGGAATCTTATGATACAATAGCGCTAAAGGTTAAAGGAGATGGGAGATGTTACATTTCTACT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298165347|gb|HO011396.1|HO011396
EST:     CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG                         TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgttgcttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: gi|193413001|gb|FK380808.1|FK380808
EST:     CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG                         TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgttgcttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: gi|192323993|gb|FK018684.1|FK018684
EST:     CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG                         TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgttgcttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: gi|298194118|gb|HO040766.1|HO040766
EST:     CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG                         TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgttgcttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: gi|298184473|gb|HO029686.1|HO029686
EST:     CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG                         TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgttgcttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: gi|298163373|gb|HO012106.1|HO012106
EST:     TAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCNNNNNNNG                         TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACT
genomic: TAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAA-Ggttgcttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACT
EST: gi|193637998|gb|FK585372.1|FK585372
EST:     CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG                         TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgttgcttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: gi|192318066|gb|FK007180.1|FK007180
EST:     CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG                         TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgttgcttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: gi|298179745|gb|HO024960.1|HO024960
EST:     CTAAATGGAACATCACTCGAAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG                         TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgttgcttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: gi|58014519|gb|CX701261.1|CX701261
EST:     TAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCNNNNNNNG                         TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACT
genomic: TAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTC-AAAAAAGgttgcttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACT
EST: gi|192318065|gb|FK007179.1|FK007179
EST:     CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG                         TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgttgcttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: gi|298168411|gb|HO009341.1|HO009341
EST:     TAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAGAG                         TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACT
genomic: TAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAA-AGgttgcttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACT
EST: gi|192325825|gb|FK018047.1|FK018047
EST:     CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG                         TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgttgcttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
EST: gi|298177341|gb|HO027122.1|HO027122
EST:     CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAG                         TTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT
genomic: CTAAATGGAACATCACTCGGAGTGGCTTCTGTGGAATGCGCTCAAAAAAGgttgcttttt ... atctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgtaaagtctatattgaatgtgttatctttacacaattctttgcatctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTTAAAGGAGATGGAAGATGTTATATATCTACG
                                     ttctttgcatcttt  CT-rich tract
          tatattgaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taactattttaaaattatatcatggtgatttctgattagttggcagtgtaaagtctatattgaatgtgttatctttacacaattctttgcatctttgcagTTTGATGGCTTTATTGATTTGGATTCATATGATACTATTGCTATGAAACTTAAAGGAGATGGAAGATGTTATATATCTACG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - catggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgtg