Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttcacgtagtgctggaaaatgaatatttcaagagctgtggagtactttacatttacgaatctgctgctatttaccatttttttttttggtttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGAAGCTCCCAAGTGAGCGCCTTTTCCTTGACAAGTATGGAAGAATTTGCCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G03510.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G03510.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv09s0002g06730.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
ttcacgtagtgctggaaaatgaatatttcaagagctgtggagtactttacatttacgaatctgctgctattt-----accattttttttt--ttggtttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGAAGCTCCCAAGTGAGCGCCTTTTCCTTGACAAGTATGGAAGAATTTGCCT
       ||    | |   | | |  |   |||| ||| ||    || | |||   ||  |   ||||  ||     |  |  ||||| |  ||| ||| | |  |||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||  |||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||  || ||| |
-------agaatggcactttcatttatagcagagttgttgaccttttaagattcttgatcccattgctgattttttaattacctttttctggttgatttctttgaagTGGCAGAAGTGATCTTTGTTATAATCTCATCTGTGAAAGATGTCTGTGGGAAGCCTCCAACTGAGCGCCTCTTCCTTGATAAGTACGGAAAGATATGCTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193691038|gb|FK627097.1|FK627097
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGGACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTC
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTC
EST: gi|192293998|gb|FG987167.1|FG987167
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|21678250|gb|BQ630601.1|BQ630601
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|22929238|gb|BU546377.1|BU546377
EST:     TGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: TGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298174040|gb|HO017376.1|HO017376
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|5606794|gb|AI900892.1|AI900892
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|15813314|gb|BI785589.1|BI785589
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298168544|gb|HO009474.1|HO009474
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|7692880|gb|AW760979.1|AW760979
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|151403241|gb|EV273051.1|EV273051
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298171678|gb|HO021270.1|HO021270
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298196443|gb|HO041186.1|HO041186
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|8825890|gb|BE209620.1|BE209620
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298197435|gb|HO044914.1|HO044914
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|8284451|gb|BE022010.1|BE022010
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|31462920|gb|CD404948.1|CD404948
EST:     TCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: TCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298183118|gb|HO028381.1|HO028381
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTGTGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298171557|gb|HO016589.1|HO016589
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298192353|gb|HO036435.1|HO036435
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGGACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
EST: gi|298196170|gb|HO044561.1|HO044561
EST:     CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCT                         TGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA
genomic: CGATGTCAGCATCTATGTTGTGGGCAAGGACGAATATGATGAACTTGCCTgtacgtattc ... ttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttacatttacgaatctgctgctatttaccatttttttttttggtttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGAAGCTCCCAAGTGAGCGCCTTTTCCTTGACAAGTATGGAAGAATTTGCCT
                        tttaccattttttttt  CT-rich tract
                      tatttaccattttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttcacgtagtgctggaaaatgaatatttcaagagctgtggagtactttacatttacgaatctgctgctatttaccatttttttttttggtttttctctagTGTCAGAAGTGATCTTTGTGATAACCTCAGCTGTGAAGGATGTATGTGGGAAGCTCCCAAGTGAGCGCCTTTTCCTTGACAAGTATGGAAGAATTTGCCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - -tgctgga
- - - - - - - - - - - - - - - - -gctgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tctgctg