Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttctattgtatttacattgtcatgattatatgtagagagatgattaggctgtgggaaagtactaaacttcttgtgattaaattgtctcaatctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCATTCCTTACTTCAGCGGTGCGGCCTATGTTTACGAGCACTATGTTAGACCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G20570.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G20570.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
---ttctattgtatttacattg-tcatgattatatgtagagagatgattaggctgtgggaaagtactaaacttcttgtgattaaattgtctcaatctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCATTCCTTACTTCAGCGGTGCGGCCTATGTTTACGAGCACTATGTTAGACCT
   ||  || | ||  |  | | || |  ||     |   |   |   |  | | |  |||| |||  | ||     |||  |  |||| ||  | | |  |||| | ||| | ||||||||||||||||||||    ||  ||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||| ||||| | ||| ||||||
aaattgaatgggatcaatttgggtcctttttggtaattctgttttatctgagatatcagaaactac--acctctgcttgaacatgttgtgtc--tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCATACCCTACTTCAGTGGTGCTGCATATGTTTATGAGCATTTTGTGAGACCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31463334|gb|CD405362.1|CD405362
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|209727462|gb|BW651957.1|BW651957
EST:     TATTCCTTGA-CACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|298187817|gb|HO031774.1|HO031774
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|208325936|gb|GE121900.1|GE121900
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|207775211|gb|GD749540.1|GD749540
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|298168324|gb|HO014499.1|HO014499
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|192326557|gb|FK018834.1|FK018834
EST:     TATTCCTTGATCACCCCCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|298168765|gb|HO009695.1|HO009695
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAGAGCTGATCCTCACCGGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|207769797|gb|GD741789.1|GD741789
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|26045617|gb|CA783151.1|CA783151
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|192310282|gb|FK002610.1|FK002610
EST:     TATTCCTTGGTCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|6667545|gb|AW278996.1|AW278996
EST:     TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|192310283|gb|FK002611.1|FK002611
EST:     TATTCCTTGGTCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATG                         GATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgc ... tctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aggctgtgggaaagtactaaacttcttgtgattaaattgtctcaatctattacagGATTCCTATATGGCCATATGCAAAGCTGATCCTCACCAGCTGGTTGGTCATTCCTTACTTCAGCGGTGCGGCCTATGTTTACGAGCACTATGTTAGACCT
              tactaaa  putative branch site (score: 1)
                            tgattaaatt  TA-rich tract