Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gctatgtattctaagtgtttcctttgaaggaaaaatagaaatatttgacacattgagagaatttatttttatgttaattctttgtttcattctcttacagTTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTTGCACTGGCGTCTGTTACCGAGGCCTCTTTCAATTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G19250.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193401849|gb|FK369308.1|FK369308
EST:     CCATGGAGCCTTTCTTTTCAGTCATCCTTTCTGCCATGTTCCTTGGAGAG                         TTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
genomic: CCATGGAGCCTTTCTTTTCAGTCATCCTTTCTGCCATGTTCCTTGGAGAGgttagatata ... tctcttacagTTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
EST: gi|15204358|gb|BI427126.1|BI427126
EST:     CCATGGAGCCTTTCTTTTCAGTCATCCTTTCTGCCATGTTCCTTGGAGAG                         TTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
genomic: CCATGGAGCCTTTCTTTTCAGTCATCCTTTCTGCCATGTTCCTTGGAGAGgttagatata ... tctcttacagTTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
EST: gi|22522844|gb|BU081655.1|BU081655
EST:     CCATGGAGCCTTTCTTTTCAGTCATCCTTTCTGCCATGTTCCTTGGAGAG                         TTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
genomic: CCATGGAGCCTTTCTTTTCAGTCATCCTTTCTGCCATGTTCCTTGGAGAGgttagatata ... tctcttacagTTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
EST: gi|51337755|gb|CO981621.1|CO981621
EST:     GCCATGTTCCTTGGAGAG                         TTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
genomic: GCCATGTTCCTTGGAGAGgttagatata ... tctcttacagTTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
EST: gi|19452481|gb|BM953891.1|BM953891
EST:     CCATGGAGCCTTTCTTTTCAGTCATCCTTTCTGCCATGTTCCTTGGAGAG                         TTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
genomic: CCATGGAGCCTTTCTTTTCAGTCATCCTTTCTGCCATGTTCCTTGGAGAGgttagatata ... tctcttacagTTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
EST: gi|15204323|gb|BI427091.1|BI427091
EST:     CCATGGAGCCTTTCTTTTCAGTCATCCTTTCTGCCATGTTCCTTGGAGAG                         TTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
genomic: CCATGGAGCCTTTCTTTTCAGTCATCCTTTCTGCCATGTTCCTTGGAGAGgttagatata ... tctcttacagTTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
EST: gi|17518865|gb|BM187907.1|BM187907
EST:     CCATGGAGCCTTTCTTTTCAGTCATCCTTTCTGCCATGTTCCTTGGAGAG                         TTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
genomic: CCATGGAGCCTTTCTTTTCAGTCATCCTTTCTGCCATGTTCCTTGGAGAGgttagatata ... tctcttacagTTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
EST: gi|13311988|gb|BG405639.1|BG405639
EST:     CCATGGAGCCTTTCTTTTCAGTCATCCTTTCTGCCATGTTCCTTGGAGAG                         TTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT
genomic: CCATGGAGCCTTTCTTTTCAGTCATCCTTTCTGCCATGTTCCTTGGAGAGgttagatata ... tctcttacagTTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgacacattgagagaatttatttttatgttaattctttgtttcattctcttacagTTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTTGCACTGGCGTCTGTTACCGAGGCCTCTTTCAATTG
                          tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                ttctttgtttcattct  CT-rich tract
            agaatttatttttatg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gctatgtattctaagtgtttcctttgaaggaaaaatagaaatatttgacacattgagagaatttatttttatgttaattctttgtttcattctcttacagTTTCCTACACCGTGGGTGGTTGGTTCCCTTGTGCCTATTGTTGGTGGAGTTGCACTGGCGTCTGTTACCGAGGCCTCTTTCAATTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG