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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acttagtcatatttttcattcgttcatactttttttttcagttactatactaattttcagttactattttttatacctattttgtgtctaaactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGCAGAGCCTGTTGCAACTCCCCCTGCTGCAGACACAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G17930.4
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298175581|gb|HO018292.1|HO018292
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|208152472|gb|GD946553.1|GD946553
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGATGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|7588414|gb|AW704210.1|AW704210
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGATAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|208183115|gb|GD986531.1|GD986531
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|193486175|gb|FK451689.1|FK451689
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|16106028|gb|BI893768.1|BI893768
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|213617811|gb|DB959395.1|DB959395
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGATAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|208025682|gb|GD826138.1|GD826138
EST:     GAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTT-GAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|192328314|gb|FK020025.1|FK020025
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|9259946|gb|BE348093.1|BE348093
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|193387660|gb|FK350053.1|FK350053
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|208325715|gb|GE123261.1|GE123261
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|207805610|gb|GD779879.1|GD779879
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTTCTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATC
EST: gi|298194444|gb|HO041092.1|HO041092
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|208087585|gb|GD888991.1|GD888991
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|207732416|gb|GD708575.1|GD708575
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|18040877|gb|BM309171.1|BM309171
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGATAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|208070478|gb|GD872583.1|GD872583
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|208125427|gb|GD921087.1|GD921087
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|13790786|gb|BG653377.1|BG653377
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|7232756|gb|AW568109.1|AW568109
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|193377081|gb|FK342718.1|FK342718
EST:     TGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: TGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|207705059|gb|GD685608.1|GD685608
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTT-GTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|208214415|gb|GE011500.1|GE011500
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|193512942|gb|FK470490.1|FK470490
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|207729951|gb|GD706503.1|GD706503
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|208125786|gb|GD922020.1|GD922020
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|193377963|gb|FK341532.1|FK341532
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|208313291|gb|GE115161.1|GE115161
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|193558873|gb|FK511626.1|FK511626
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         CGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|207710944|gb|GD694008.1|GD694008
EST:     GGAAANGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|193509824|gb|FK471572.1|FK471572
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|208248093|gb|GE050731.1|GE050731
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC
EST: gi|193508375|gb|FK466218.1|FK466218
EST:     GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTC                         TGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCCCTAGTTGC
genomic: GGAAATGTTTCCAGGTGGTACAAGCACATTGATGCTTTGTTGAGAATCTCgtaagttcac ... aactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatactaattttcagttactattttttatacctattttgtgtctaaactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGCAGAGCCTGTTGCAACTCCCCCTGCTGCAGACACAAAG
     taattttcagttacta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
acttagtcatatttttcattcgttcatactttttttttcagttactatactaattttcagttactattttttatacctattttgtgtctaaactctacagTGGTGTTACTGGCGAGGGATCTGGTGTTATTGTTGAGGGATCTCTAGTTGCAGAGCCTGTTGCAACTCCCCCTGCTGCAGACACAAAG

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- - - - - - - ttcattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttttgtg