Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgtcgaactatttttgcatgcggtggctctgttttattttaatgtcatcacagtttatctaactcaaggtgtgaaactcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G15890.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209708698|gb|BW678879.1|BW678879
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|193607362|gb|FK558249.1|FK558249
EST:     ACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|192316855|gb|FK006082.1|FK006082
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|151403156|gb|EV272966.1|EV272966
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|213600560|gb|DB960108.1|DB960108
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|192317603|gb|FK008999.1|FK008999
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|209706472|gb|BW670831.1|BW670831
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|19345850|gb|BM890730.1|BM890730
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|193691839|gb|FK631538.1|FK631538
EST:     ACCGTTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCG-TGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|298178035|gb|HO023884.1|HO023884
EST:     ACCCACCTTATCACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|192317604|gb|FK009000.1|FK009000
EST:     ACCCCCCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|213603478|gb|DB966629.1|DB966629
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|31306990|gb|CD392193.1|CD392193
EST:     ACCCACCTTATTACCAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|209712066|gb|BW674213.1|BW674213
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|209708699|gb|BW678880.1|BW678880
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCAGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|120530396|gb|EH258529.1|EH258529
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|151401315|gb|EV271129.1|EV271129
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|298177637|gb|HO027304.1|HO027304
EST:     ACCCACCTTATCACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|151403653|gb|EV273463.1|EV273463
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|209711472|gb|BW665224.1|BW665224
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|213617933|gb|DB957386.1|DB957386
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|213611375|gb|DB983967.1|DB983967
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCAAGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|151405413|gb|EV275227.1|EV275227
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|192319047|gb|FK009071.1|FK009071
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|209711473|gb|BW665225.1|BW665225
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|209706473|gb|BW670832.1|BW670832
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
EST: gi|151404681|gb|EV274495.1|EV274495
EST:     ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAG                         GTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
genomic: ACCCACCTTATTACAAAGGATTAGATTACATTTATGAGGACCGTGGTGAGgtatgtgtcg ... actcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttttattttaatgtcatcacagtttatctaactcaaggtgtgaaactcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT
                          atctaac  putative branch site (score: 2)
                                              ctctttt  putative PPT
     attttaatgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtgtcgaactatttttgcatgcggtggctctgttttattttaatgtcatcacagtttatctaactcaaggtgtgaaactcttttagGTCCTGGATATGCGTATATTTGAAACGGGAGAATATGCACTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA