1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...cttgtggatattttattgaataaagttccaatttccaaaattgcatgtcaacatgctatttgccaactagacaaaacaatgatccaaggatattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTGATCTTGAAGGAGCTATATTTAAGAACACGGTATTGTCAGGATCCACCTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G13640.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCEST: gi|58021910|gb|CX708651.1|CX708651
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTC
EST: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTGEST: gi|31469215|gb|CD411243.1|CD411243
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
EST: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG GGGTGGACTTCTCAAATNCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTGEST: gi|151398004|gb|EV267882.1|EV267882
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
EST: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTGEST: gi|192321720|gb|FK013602.1|FK013602
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
EST: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTGEST: gi|120532686|gb|EH260819.1|EH260819
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
EST: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTGEST: gi|192320229|gb|FK012675.1|FK012675
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
EST: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTGEST: gi|33390169|gb|CA853376.1|CA853376
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
EST: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTGEST: gi|192321719|gb|FK013601.1|FK013601
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
EST: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAG GGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
genomic: GACAGAAGTTGTAATGTCAAAGGCTTATGCTGCTGGTGCCAGCTTTAAAGgtaacagttt ... tattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTG
tgtcaacatgctatttgccaactagacaaaacaatgatccaaggatattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTGATCTTGAAGGAGCTATATTTAAGAACACGGTATTGTCAGGATCCACCTT
atattttaca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttgtggatattttattgaataaagttccaatttccaaaattgcatgtcaacatgctatttgccaactagacaaaacaatgatccaaggatattttacagGGGTGGACTTCTCAAATGCAGTCTTGGACCGTGTGAACTTTGAGAAAGCTGATCTTGAAGGAGCTATATTTAAGAACACGGTATTGTCAGGATCCACCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
cttgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - ccaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaacta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaagga