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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgactttactaaaatatgatttttaaggtaaagttttagactatgatttagtgtgtacttttacaatgattttacctcattgtgagttgtgagtttgtatttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G08260.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G08260.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0008g02850.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtaagtgactttactaaaatatgatttttaaggtaaagttttagactatgatttagtgtgtacttttacaatgattttacctcattgtgagttgtgagtt-tgtatttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG
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-------gcgtcatttggcatttattgccatg--caatatttgggatattagctaacttgaa-----gccacaatcatacctgtttttaagtaaacaattatcttcttgtgcagGATACAGCTTGGGCAGCCTGCGACTGTCAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCAGGCTTGTATCATATAATAACAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298196281|gb|HO044672.1|HO044672
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|192293857|gb|FG986066.1|FG986066
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|254326872|gb|GR836481.1|GR836481
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|151403047|gb|EV272860.1|EV272860
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|120529083|gb|EH257217.1|EH257217
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
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EST: gi|151400109|gb|EV269923.1|EV269923
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|7587840|gb|AW703648.1|AW703648
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|151393354|gb|EV263229.1|EV263229
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAATCTTGTCCG
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EST: gi|151405592|gb|EV275406.1|EV275406
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|298163452|gb|HO012185.1|HO012185
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
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EST: gi|298186101|gb|HO036734.1|HO036734
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
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EST: gi|192327794|gb|FK022073.1|FK022073
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
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EST: gi|308098837|gb|HO760678.1|HO760678
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAGCACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
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EST: gi|27424900|gb|CA936420.1|CA936420
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
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EST: gi|15337215|gb|BI497871.1|BI497871
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EST: gi|13478110|gb|BG507722.1|BG507722
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EST: gi|16997060|gb|BM086432.1|BM086432
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
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EST: gi|192333616|gb|FK025433.1|FK025433
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
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EST: gi|254321190|gb|GR827639.1|GR827639
EST:     TCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
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EST: gi|27427298|gb|CA938818.1|CA938818
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
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EST: gi|192333615|gb|FK025432.1|FK025432
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
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EST: gi|10231723|gb|BE800611.1|BE800611
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
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EST: gi|15815710|gb|BI787985.1|BI787985
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|254321189|gb|GR827638.1|GR827638
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|58017005|gb|CX703747.1|CX703747
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|24205242|gb|BU964495.1|BU964495
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|298198461|gb|HO040000.1|HO040000
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|298198235|gb|HO039774.1|HO039774
EST:     GATTCTCAGATTGCCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|16105248|gb|BI892988.1|BI892988
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|254326873|gb|GR836482.1|GR836482
EST:     GATTCTCAGA-TGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|57575063|gb|CX548038.1|CX548038
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|298191590|gb|HO039069.1|HO039069
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|10237932|gb|BE806820.1|BE806820
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|192310604|gb|FG999249.1|FG999249
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATATGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|6455701|gb|AW186384.1|AW186384
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|4405614|gb|AI507763.1|AI507763
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|15814454|gb|BI786729.1|BI786729
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|14516465|gb|BI095137.1|BI095137
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|7639793|gb|AW734108.1|AW734108
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|298195881|gb|HO044272.1|HO044272
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|13480102|gb|BG509435.1|BG509435
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|13478005|gb|BG507655.1|BG507655
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|19347226|gb|BM892106.1|BM892106
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
EST: gi|37995371|gb|CF806960.1|CF806960
EST:     GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACAC                         GATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG
genomic: GATTCTCAGATTGTCTCTGACTATGTGCGCTACTTCCTTCACCAACACACgtaagtgact ... atttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtacttttacaatgattttacctcattgtgagttgtgagtttgtatttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG
     ttttacaatgatttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtaagtgactttactaaaatatgatttttaaggtaaagttttagactatgatttagtgtgtacttttacaatgattttacctcattgtgagttgtgagtttgtatttgtgtagGATACAACTTGGACAACCTGCGACAGTTAAAGTTGCTGCAAACCTTGTCCGGCTTCTCGCATATAACAATAAG

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