1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...cctggctttatcattaaggttacattttctgttgagatgatacctatgaattaaaaatcatgacaattatgaagtgatgagttttttttcttcttttcagCAACGCAACGAAGGTCAGGATGTCCATCCGGAACAAATCAAAGCGGTTTTGTTGGATTCAGCTGCTGGCTTCCATAGCATGTCCTAATTGCAAAAAACAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G38530.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGTTATCAGCTATGTCAATGGATTTGCTATGGATATTTTCAGAGCTGAG CAACGCAACGAAGGTCAGGATGTCCATCCGGAACAAATCAAAGCGGTTTTGEST: gi|7234435|gb|AW569772.1|AW569772
genomic: CAGTTATCAGCTATGTCAATGGATTTGCTATGGATATTTTCAGAGCTGAGgtgatttttt ... ttcttttcagCAACGCAACGAAGGTCAGGATGTCCATCCGGAACAAATCAAAGCGGTTTTG
EST: CAGTTATCAGCTATGTCAATGGATTTGCTATGGATATTTTCAGAGCTGAG CAACGCAACGAAGGTCAGGATGTCCATCCGGAACAAATCAAAGCGGTTTTGEST: gi|192305197|gb|FG997505.1|FG997505
genomic: CAGTTATCAGCTATGTCAATGGATTTGCTATGGATATTTTCAGAGCTGAGgtgatttttt ... ttcttttcagCAACGCAACGAAGGTCAGGATGTCCATCCGGAACAAATCAAAGCGGTTTTG
EST: CAGTTATCAGCTATGTCAATGGATTTGCTATGGATATTTTCAGAGCTGAG CAACGCAACGAAGGTCAGGATGTCCATCCGGAACAAATCAAAGCGGTTTTG
genomic: CAGTTATCAGCTATGTCAATGGATTTGCTATGGATATTTTCAGAGCTGAGgtgatttttt ... ttcttttcagCAACGCAACGAAGGTCAGGATGTCCATCCGGAACAAATCAAAGCGGTTTTG
atgaattaaaaatcatgacaattatgaagtgatgagttttttttcttcttttcagCAACGCAACGAAGGTCAGGATGTCCATCCGGAACAAATCAAAGCGGTTTTGTTGGATTCAGCTGCTGGCTTCCATAGCATGTCCTAATTGCAAAAAACAA
tgagttttttttcttc CT-rich tract
ttttttttcttctttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cctggctttatcattaaggttacattttctgttgagatgatacctatgaattaaaaatcatgacaattatgaagtgatgagttttttttcttcttttcagCAACGCAACGAAGGTCAGGATGTCCATCCGGAACAAATCAAAGCGGTTTTGTTGGATTCAGCTGCTGGCTTCCATAGCATGTCCTAATTGCAAAAAACAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
-ctggctt
- - - - - - - - - - - - - -tctgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaagtg