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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttattatttctacgtttctatttgtattcatcttctatttggcataagtaggaagttataactcttacatacttaacttttaaaatttaaaattattagtggcacaaatatgcttacatgcttacctctgtgctatagTTATAATCCAGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGGTGGTTCCACCTCGACCTCAGCCATGGTTTTCACAGCCTCCAGTTGTTTCAGTTCCTCCTGCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G34280.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27423959|gb|CA935479.1|CA935479
EST:     TTGGGTACAGGATATCCTTCGCGACCAGCCTTGCCCACGATGCCACCAGT                         TTATAATCCAGCTGTACCTGTGCCTC
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTTCGCGACCAGCCTTGCCCACGATGCCACCAGTgtatgttatt ... tgtgctatagTTATAATCCAGCTGTACCTGTGCCTC
EST: gi|24206292|gb|BU965545.1|BU965545
EST:     TTGGGTACAGGATATCCTTCGCGACCAGNCTTGCCCACGATGCCACCAGT                         TTATAATCCAGCTGTACCTGTGCCTCCAA-TGCTTGGGTGGT-CCACCTCC
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTTCGCGACCAGCCTTGCCCACGATGCCACCAGTgtatgttatt ... tgtgctatagTTATAATCCAGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGGTGGTTCCACCTCG
EST: gi|209707459|gb|BW664918.1|BW664918
EST:     TTGGGTACAGGATATCCTTCGCGACCAGCCTTGCCCACGATGCCACCAGT                         TTATAATCCAGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGGTGGTTCCACCTCG
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTTCGCGACCAGCCTTGCCCACGATGCCACCAGTgtatgttatt ... tgtgctatagTTATAATCCAGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGGTGGTTCCACCTCG
EST: gi|17153053|gb|BM142986.1|BM142986
EST:     TTGGGTACAGGATATCCTTCGCGACCAGCCTTGCCCACGATGCCACCAGT                         TTATAATCCAGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGGTGGTTCCACCTCG
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTTCGCGACCAGCCTTGCCCACGATGCCACCAGTgtatgttatt ... tgtgctatagTTATAATCCAGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGGTGGTTCCACCTCG
EST: gi|209723203|gb|BW675149.1|BW675149
EST:     TTGGGTACAGGATATCCTTCGCGACCAGCCTTGCCCACGATGCCACCAGT                         TTATAATCCAGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGGTGGTTCCACCTCG
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTTCGCGACCAGCCTTGCCCACGATGCCACCAGTgtatgttatt ... tgtgctatagTTATAATCCAGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGGTGGTTCCACCTCG
EST: gi|4305272|gb|AI443738.1|AI443738
EST:     AGCCTTGCCCACGATGCCACCAGT                         TTATAATCCAGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGGTGGTTCCACCTCG
genomic: AGCCTTGCCCACGATGCCACCAGTgtatgttatt ... tgtgctatagTTATAATCCAGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGGTGGTTCCACCTCG
EST: gi|14258943|gb|BG881851.1|BG881851
EST:     TTGGGTACAGGATATCCTTCGCGACCAGCCTTGCCCACGATGCCACCAAT                         TTATAATCCAGCTGTACCTGTG
genomic: TTGGGTACAGGATATCCTTCGCGACCAGCCTTGCCCACGATGCCACCAGTgtatgttatt ... tgtgctatagTTATAATCCAGCTGTACCTGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatttaaaattattagtggcacaaatatgcttacatgcttacctctgtgctatagTTATAATCCAGCTGTACCTGTGCCTCCAAATGCTTGGGTGGTTCCACCTCGACCTCAGCCATGGTTTTCACAGCCTCCAGTTGTTTCAGTTCCTCCTGCT
                                   tgcttac  putative branch site (score: 2)
                                     cttacctct  CT-rich tract
     aaaattattagt  TA-rich tract