Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcttattatttatttgtttttattttattatattttggtatactaaatctggatgcatatgatatgattctcaatttgtgtaacattattatttaatgatttgttttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTTACAAAGTATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G30140.3
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G30140.3 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
-gtcttattatttatttgtttttattttattatattttggtatactaaatctggatgcatatgatatgattctcaatttgtgtaacattattatttaatgatttgttttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTTACAAAGTATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATA
  | || || ||| ||   |   ||  | ||  |||||  || ||    | ||| |     | || | |||   |||||   | | ||      || |  | || ||||   ||||||||| ||||| ||||| |   | || || || ||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||
gtttttcttttttcttcactacaatgctgtttaattttatta-accgtttgtggtttttgtttat-tcatttgaaattttcctgatatg-----ttgactacttttttttggctagTTTATGATGGCAAATGGTACCCTTGTACGTGTCCTCATTCATACAGATGTTACTAAATATCTTTACTTCAAAGCTGTGGATGGCAGCTATGTCTTTAATA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192322711|gb|FK014402.1|FK014402
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|193659253|gb|FK605052.1|FK605052
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|213598704|gb|DB964270.1|DB964270
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|17021940|gb|BM092974.1|BM092974
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|213593669|gb|DB971691.1|DB971691
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|193325776|gb|FK290215.1|FK290215
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTTATTTATTGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATA
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTT-ATT-AT-GGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATA
EST: gi|213590255|gb|DB963832.1|DB963832
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|151400876|gb|EV270690.1|EV270690
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|209722563|gb|BW682662.1|BW682662
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|17964174|gb|BM270913.1|BM270913
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|7924853|gb|AW830879.1|AW830879
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|213603679|gb|DB966807.1|DB966807
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|207770456|gb|GD744170.1|GD744170
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|254342789|gb|GR858951.1|GR858951
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|209710882|gb|BW653643.1|BW653643
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|151400851|gb|EV270665.1|EV270665
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
EST: gi|213595671|gb|DB972141.1|DB972141
EST:     CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAG                         TTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT
genomic: CTCCACATTTGGGCGCTAGCAGGGACTACAACATCGATATGAACCCCAAGgtcttattat ... tttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatatgattctcaatttgtgtaacattattatttaatgatttgttttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTTACAAAGTATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATA
                                        tttgttttcttct  CT-rich tract
             aatttgtgtaacatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcttattatttatttgtttttattttattatattttggtatactaaatctggatgcatatgatatgattctcaatttgtgtaacattattatttaatgatttgttttcttctagTTTATTATGGCTAATGGCAATTTGGTGCGGGTTCTCATACATACCGATGTTACAAAGTATCTCTATTTCAAAGCTGTGGATGGGAGCTATGTGTTTAATA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT