Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactaatatgattattctgaatccattttgctaccttttttttttctttttctttttcttttttaaatttggtagttatgctttatggccgagtaatgaattgggggcttttttttttctttctaaattatgtatgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATAAGTTTCTTCTTCAGAGCGTAAAAACTGTTGATGGTACCAGTCCGAAGGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G04580.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298197354|gb|HO044833.1|HO044833
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|298187165|gb|HO034314.1|HO034314
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGGGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|7925879|gb|AW831905.1|AW831905
EST:     TCGTCCGAACACTGGGGTTGTCACGCCTCGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|192326599|gb|FK018846.1|FK018846
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|8283114|gb|BE020675.1|BE020675
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCCAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAAGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|193469921|gb|FK437262.1|FK437262
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|298194582|gb|HO043054.1|HO043054
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|7588116|gb|AW703919.1|AW703919
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|192320302|gb|FK013392.1|FK013392
EST:     TCGTCCGAACACTGGGGTTGTCACGCCTCGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|33390081|gb|CA853288.1|CA853288
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|209700050|gb|BW656218.1|BW656218
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|298185938|gb|HO031099.1|HO031099
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|192324904|gb|FK015385.1|FK015385
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|18041004|gb|BM309298.1|BM309298
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|208158152|gb|GD954195.1|GD954195
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|10848335|gb|BF070847.1|BF070847
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|298189123|gb|HO037526.1|HO037526
EST:     TCGTCCGAACACTGGGGTTGTCACGCCTCGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|10843377|gb|BF067174.1|BF067174
EST:     TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
EST: gi|298169114|gb|HO020474.1|HO020474
EST:     TCGTCCGAACACTGGGGTTGTCACGCCTCGATCTACGTGTGATGTTATCG                         TTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA
genomic: TCGTCCGAACACTGGTATTGTCACGCCACGATCTACGTGTGATGTTATCGgtactaatat ... tgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgagtaatgaattgggggcttttttttttctttctaaattatgtatgaatggaagTTACCATGCAAGCGCAAAAAGAGGCTCCTGCTGATATGCAATGCAAGGATAAGTTTCTTCTTCAGAGCGTAAAAACTGTTGATGGTACCAGTCCGAAGGA
                               ttctaaa  putative branch site (score: 2)
                   ttttttttttctttct  TA-rich tract