Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacacagaagttctttattacttgatcctcggtaacattacaaggactacttgtgtggttaattctttgggatgaaattctgatatggtggttctgatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGCCGCAGCTCTTTTTGAGTGGTAACTTGAGTGATCTTCCATGTCCGGCTGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G02800.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G02800.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv14s0066g00140.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtaacacagaagttctttattacttgatcct--cggtaacattacaaggactacttgtgtggttaattct--ttgggatgaa-----attctgatatggtggttct-gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGCCGCAGCTCTTTTTGAGTGGTAACTTGAGTGATCTTCCATGTCCGGCTGA
                 | | | ||||||    |  |     |    || ||| |  | |      ||||  ||    | ||     |  ||||| |     |||| | | |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||| ||||  |||| || ||  |||| | || | |  |       ||  | |   | ||    ||||
-----------------tttcatttgatcacaacaattgatctgttggggctagtgatttaccagcttctcattttagtaaacatacagcctgattttacatttcttggtgttgcagAGTTTGGATGGCAGGGCAATCAGAGTAAATGTTGCAGAGGAACGGCCGAGGCGTGGCTCCTATTAATTTCTGGAGGTTGTTTTTTGAGAGGTTTACCTGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|11274443|gb|BF324796.1|BF324796
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGGACAGGATANGCCTAGC
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
EST: gi|192326482|gb|FK017259.1|FK017259
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
EST: gi|6454738|gb|AW185421.1|AW185421
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATATGCCTAGC
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
EST: gi|18735126|gb|BM528579.1|BM528579
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGACGGGAAGGCTATCAGAGTGAATGTTGC
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGC
EST: gi|23064530|gb|BU579303.1|BU579303
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
EST: gi|18722166|gb|BM523388.1|BM523388
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
EST: gi|6454674|gb|AW185357.1|AW185357
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGCTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
EST: gi|31459082|gb|CD401110.1|CD401110
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
EST: gi|8669118|gb|BE190225.1|BE190225
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGACGGGAGGCCTATCAGAATGAATGTTGCACAAGATAGGCCTAGC
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
EST: gi|193402427|gb|FK365531.1|FK365531
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGACGGGAAGGGACTAATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCT
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGG-AGGG-CT-ATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCT
EST: gi|20448329|gb|BQ252453.1|BQ252453
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
EST: gi|208089945|gb|GD889586.1|GD889586
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTTATGGTCAG                         AGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
EST: gi|31471739|gb|CD413767.1|CD413767
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
EST: gi|58016546|gb|CX703288.1|CX703288
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
EST: gi|31306536|gb|CD391739.1|CD391739
EST:     TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAG                         AGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC
genomic: TGTCTAGTGAGACTGATATGAATGATGCAATTGCTGCCCTTGATGGTCAGgtaacacaga ... gatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtgtggttaattctttgggatgaaattctgatatggtggttctgatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGCCGCAGCTCTTTTTGAGTGGTAACTTGAGTGATCTTCCATGTCCGGCTGA
                                         ttctgat  putative branch site (score: 3)
        ttaattcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaacacagaagttctttattacttgatcctcggtaacattacaaggactacttgtgtggttaattctttgggatgaaattctgatatggtggttctgatattgcagAGTTTGGACGGGAGGGCTATCAGAGTGAATGTTGCACAGGATAGGCCTAGCCGCAGCTCTTTTTGAGTGGTAACTTGAGTGATCTTCCATGTCCGGCTGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC