1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gtttccttatctttaaatgggttgagtacaaaagactaattacctatctttaagctatttggttgttccttgatttactaaatttatgtgattgttgcagGCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTTACCCATACAAATCCCCTTCTATTGGCTTCGTGAACAAAATTTTCCACCC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G01980.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAATGATGGACTCAATGAGTTCAATGTGGAGCTTCATGGTCCAAAAGAAA GCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTCGAGCTTCCTGATGCTTEST: gi|298191054|gb|HO038533.1|HO038533
genomic: AAATGATGGACTCAATGAGTTCAATGTGGAGTTTCATGGTCCAAAAGAAAgtactgtcaa ... attgttgcagGCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTT
EST: AAATGATGGACTCAATGAGTTCAATGTGGAGTTTCATGGTCCAAAAGAAA GCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTTEST: gi|298184467|gb|HO029680.1|HO029680
genomic: AAATGATGGACTCAATGAGTTCAATGTGGAGTTTCATGGTCCAAAAGAAAgtactgtcaa ... attgttgcagGCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTT
EST: AAATGATGGACTCAATGAGTTCAATGTGGAGTTTCATGGTCCAAAAGAAA GCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTTEST: gi|10232163|gb|BE801051.1|BE801051
genomic: AAATGATGGACTCAATGAGTTCAATGTGGAGTTTCATGGTCCAAAAGAAAgtactgtcaa ... attgttgcagGCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTT
EST: AATGAGTTCAATGTGGAGTTTCATGGTCCAAAAGAAA GCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTTEST: gi|12687894|gb|BG154290.1|BG154290
genomic: AATGAGTTCAATGTGGAGTTTCATGGTCCAAAAGAAAgtactgtcaa ... attgttgcagGCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTT
EST: AAATGATGGACTCAATGAGTTCAATGTGGAGTTTCATGGTCCAAAAGAAA GCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTTEST: gi|151411773|gb|EV281584.1|EV281584
genomic: AAATGATGGACTCAATGAGTTCAATGTGGAGTTTCATGGTCCAAAAGAAAgtactgtcaa ... attgttgcagGCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTT
EST: AAATGATGGACTCAATGAGTTCAATGTGGAGTTTCATGGTCCAAAAGAAA GCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTTEST: gi|298185117|gb|HO030330.1|HO030330
genomic: AAATGATGGACTCAATGAGTTCAATGTGGAGTTTCATGGTCCAAAAGAAAgtactgtcaa ... attgttgcagGCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTT
EST: AAATGATGGACTCAATGAGTTCAATGTGGAGTTTCATGGTCCAAAAGAAA GCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTTEST: gi|18721187|gb|BM523328.1|BM523328
genomic: AAATGATGGACTCAATGAGTTCAATGTGGAGTTTCATGGTCCAAAAGAAAgtactgtcaa ... attgttgcagGCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTT
EST: AAATGATGGACTCAATGAGTTCAATGTGTAGTTTCATGGTCCAAAAGAAA GCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTT
genomic: AAATGATGGACTCAATGAGTTCAATGTGGAGTTTCATGGTCCAAAAGAAAgtactgtcaa ... attgttgcagGCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTT
atctttaagctatttggttgttccttgatttactaaatttatgtgattgttgcagGCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTTACCCATACAAATCCCCTTCTATTGGCTTCGTGAACAAAATTTTCCACCC
tactaaa putative branch site (score: 1)
atttactaaatttatg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttccttatctttaaatgggttgagtacaaaagactaattacctatctttaagctatttggttgttccttgatttactaaatttatgtgattgttgcagGCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTTACCCATACAAATCCCCTTCTATTGGCTTCGTGAACAAAATTTTCCACCC
- - - - - - - - -tgggttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttccttg