Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctttctatgagttctgttgtgacaaatatgtttagaagggcacagggtaaagtatttaacttttggctgaattttcacaacatatgtatatatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCTTCCTTACTTTAGCGGTGCCGCTTATGTTTATGAGCATTATGTGAGACCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G01160.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G01160.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
-ctttctatgagttctgttgtgacaaatatgtttagaagggcacagggtaaagtatttaacttttggctgaattttcacaacatatgtatatatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCTTCCTTACTTTAGCGGTGCCGCTTATGTTTATGAGCATTATGTGAGACCT
   ||  ||| | ||  ||  |     | |   ||     |       | |  |||   |   |   |      || |  |  | ||| | | | |  |||| | ||  | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||||| || ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||
aaattgaatgggatcaatttgggtcctttttggtaattctgttttatctgagatatcagaaactacacctctgcttgaacatgt-tgtgtctgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCATACCCTACTTCAGTGGTGCTGCATATGTTTATGAGCATTTTGTGAGACCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298191954|gb|HO036036.1|HO036036
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|17021138|gb|BM092172.1|BM092172
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|5688137|gb|AI941152.1|AI941152
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|193547552|gb|FK501489.1|FK501489
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|193546045|gb|FK500388.1|FK500388
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|298190627|gb|HO032748.1|HO032748
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|298190018|gb|HO032139.1|HO032139
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|5688154|gb|AI941169.1|AI941169
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|151408877|gb|EV278685.1|EV278685
EST:     ACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: ACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|298191586|gb|HO039065.1|HO039065
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|192294352|gb|FG987281.1|FG987281
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|298189313|gb|HO037716.1|HO037716
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|298171165|gb|HO016197.1|HO016197
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|19936423|gb|BQ080857.1|BQ080857
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|208334075|gb|GE132454.1|GE132454
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATGTGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTG
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTG
EST: gi|16346714|gb|BI972309.1|BI972309
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|11688734|gb|BF596410.1|BF596410
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|298183222|gb|HO028207.1|HO028207
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|193707186|gb|FK642376.1|FK642376
EST:     TACTCCTTGATNACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|298196167|gb|HO044558.1|HO044558
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
EST: gi|7285106|gb|AW597593.1|AW597593
EST:     TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTG                         GATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT
genomic: TACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattt ... tatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtaaagtatttaacttttggctgaattttcacaacatatgtatatatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCTTCCTTACTTTAGCGGTGCCGCTTATGTTTATGAGCATTATGTGAGACCT
        atttaac  putative branch site (score: 3)
                        aattttcacaacatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctttctatgagttctgttgtgacaaatatgtttagaagggcacagggtaaagtatttaacttttggctgaattttcacaacatatgtatatatatttcagGATTCCAATATGGCCCTATGCAAAGCTGATTGCAACCTGCTGGTTGGTCCTTCCTTACTTTAGCGGTGCCGCTTATGTTTATGAGCATTATGTGAGACCT

- - ctatgag
- - - - - - tctgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catatgt