Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatggaaagctgcacctgcatgtggatgaaatttcactgcatgttgttttcttcatgcttgaagacatttatttgtttatttatacttggatctggatttgtttgaagcatattttgcattcaattgatctttttaaaagttatttttagcttatctaatttacaagttccttctcgtggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTTCTATCTAGTGCTACTGCTACTGCTTAGATGGCTTGTTACATGGAAACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G40200.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208289992|gb|GE082252.1|GE082252
EST:     GTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: GTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|209711287|gb|BW678527.1|BW678527
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|193640854|gb|FK591475.1|FK591475
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
EST: gi|192302401|gb|FG996683.1|FG996683
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|151404138|gb|EV273948.1|EV273948
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|193484915|gb|FK450655.1|FK450655
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208138283|gb|GD935083.1|GD935083
EST:     AGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: AGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|193722027|gb|FK662935.1|FK662935
EST:     TCAAGTACAAGCCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGG
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGG
EST: gi|208117105|gb|GD918663.1|GD918663
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
EST: gi|193614729|gb|FK562781.1|FK562781
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATAGGAACCAACTAGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGC
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCAT-GGA-CCA-CT-GGCAAACCGTCAACCAGGACAAGC
EST: gi|208258254|gb|GE056283.1|GE056283
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|58016192|gb|CX702934.1|CX702934
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208156732|gb|GD957266.1|GD957266
EST:     GCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: GCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208232329|gb|GE029114.1|GE029114
EST:     TGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|207824883|gb|GD796805.1|GD796805
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCC
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCC
EST: gi|22933003|gb|BU550142.1|BU550142
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208263712|gb|GE062880.1|GE062880
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTG
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTG
EST: gi|254334149|gb|GR849067.1|GR849067
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|207727191|gb|GD704347.1|GD704347
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCCGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTG
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTG
EST: gi|208310081|gb|GE109361.1|GE109361
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
EST: gi|209714661|gb|BW654060.1|BW654060
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208179488|gb|GD974121.1|GD974121
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|207846658|gb|GD819983.1|GD819983
EST:     CTGATGGTGTTGTAAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTT
genomic: CTGATGGTG-TG--AATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTT
EST: gi|58019325|gb|CX706067.1|CX706067
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|193701947|gb|FK635921.1|FK635921
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|209714660|gb|BW654059.1|BW654059
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208270285|gb|GE070887.1|GE070887
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGA
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGA
EST: gi|208162956|gb|GD962778.1|GD962778
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACA
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACA
EST: gi|208104699|gb|GD905054.1|GD905054
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGACAACCAGGACAAG
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
EST: gi|208094609|gb|GD893690.1|GD893690
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCNGGAC
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGAC
EST: gi|7285909|gb|AW598396.1|AW598396
EST:     TCAAGTACAAGTCAAAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTGTTGGGTGCCATGGACCACTGGCGAACCGTCAACCAGGACGAGCTGGT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208290176|gb|GE081848.1|GE081848
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
EST: gi|209724702|gb|BW651459.1|BW651459
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208140226|gb|GD940364.1|GD940364
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGC
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGC
EST: gi|8827803|gb|BE211533.1|BE211533
EST:     TCAAGTACAAATCAGAGAGCAAGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGAGTGCCATAAACCACTGGCAAACCATCAACCAGGACAAGCTGTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|31464485|gb|CD406513.1|CD406513
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGACCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|192322296|gb|FK014537.1|FK014537
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTCT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208232825|gb|GE030366.1|GE030366
EST:     TGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208302404|gb|GE100435.1|GE100435
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
EST: gi|208267593|gb|GE064178.1|GE064178
EST:     CTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: CTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208130762|gb|GD929809.1|GD929809
EST:     AGAGTAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: AGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208318924|gb|GE112455.1|GE112455
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
EST: gi|254334148|gb|GR849066.1|GR849066
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208089114|gb|GD888209.1|GD888209
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208272422|gb|GE067524.1|GE067524
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
EST: gi|192320982|gb|FK013498.1|FK013498
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208098829|gb|GD892660.1|GD892660
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCNGGACAAG
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
EST: gi|207768509|gb|GD739494.1|GD739494
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
EST: gi|208330487|gb|GE131312.1|GE131312
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAG
EST: gi|208027700|gb|GD824530.1|GD824530
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTG
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTG
EST: gi|21602476|gb|BQ612807.1|BQ612807
EST:     TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAG                         CTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT
genomic: TCAAGTACAAGTCAGAGAGCAGGATTGTGCCTGATGGTGTGAATGCTAAGgtaatggaaa ... ggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaaaagttatttttagcttatctaatttacaagttccttctcgtggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTTCTATCTAGTGCTACTGCTACTGCTTAGATGGCTTGTTACATGGAAACAG
                    atctaat  putative branch site (score: 3)
       ttatttttagcttatc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatggaaagctgcacctgcatgtggatgaaatttcactgcatgttgttttcttcatgcttgaagacatttatttgtttatttatacttggatctggatttgtttgaagcatattttgcattcaattgatctttttaaaagttatttttagcttatctaatttacaagttccttctcgtggccttgcagCTTCTTGGGTGCCATGGACCACTGGCAAACCGTCAACCAGGACAAGCTTTTCTATCTAGTGCTACTGCTACTGCTTAGATGGCTTGTTACATGGAAACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA