1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtacataaatacatgttttattaagttgcgcaatgatcacatgtttggatactcattggaagagcttaatagtatttttattgccaaattaacaatttcttatgcatgcattgaaatttgtcaaagtacttcaatgacttttattgaactttgattactaatgtatggatttgatggtgcagTACCCTCCGAGTGGGATGATGCAGCAGGGAGCACACTACATGCAGGCTCAACAACAGACACAGCAGATGTCACCACAACAACTAATGGCGGCACGCTCGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G40930.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAGCTGCAATAGCTGATTCTCAACCCCAACCACCCACCATGTCTGGTCAG TACCCTCCGAGTGGGATGATGCAGCAGGGAGCAEST: gi|193584554|gb|FK538980.1|FK538980
genomic: TAGCTGCAATAGCTGATTCTCAACCCCAACCACCCACCATGCCTGGTCAGgtacataaat ... gatggtgcagTACCCTCCGAGTGGGATGATGCAGCAGGGAGCA
EST: TAGCTGCAATAGCTGATTCTCAACCCCAACCACCCACCATGTCTGGTCAG TACCCTCCGAGTGGGATGATGCAGCAGGGAG
genomic: TAGCTGCAATAGCTGATTCTCAACCCCAACCACCCACCATGCCTGGTCAGgtacataaat ... gatggtgcagTACCCTCCGAGTGGGATGATGCAGCAGGGAG
acttcaatgacttttattgaactttgattactaatgtatggatttgatggtgcagTACCCTCCGAGTGGGATGATGCAGCAGGGAGCACACTACATGCAGGCTCAACAACAGACACAGCAGATGTCACCACAACAACTAATGGCGGCACGCTCGT
ttttattgaacttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacataaatacatgttttattaagttgcgcaatgatcacatgtttggatactcattggaagagcttaatagtatttttattgccaaattaacaatttcttatgcatgcattgaaatttgtcaaagtacttcaatgacttttattgaactttgattactaatgtatggatttgatggtgcagTACCCTCCGAGTGGGATGATGCAGCAGGGAGCACACTACATGCAGGCTCAACAACAGACACAGCAGATGTCACCACAACAACTAATGGCGGCACGCTCGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG