Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcatgaatgttgaatgagatttgaaggtctagtagccatttaatgacatggattggtattgaaatgagttgatgtgttttttctatggtgtttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATGAAGGTTATGCCCTCCCACATGCAATCCTGCGTTTAGACCTTGCAGGGCG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G30110.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G30110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv08s0007g06520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
tcatgaatgttgaatgagatttgaaggtctagtagccatttaatgacatggattggtattgaaatgagttgatgtgttttttctatggt-gtttgttg-----tagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATGAAGGTTATGCCCTCCCACATGCAATCCTGCGTTTAGACCTTGCAGGGCG
      | |  |||| |  | |  |     | |   | |  ||||    |  |   | ||    | | |  || |     || | || |  |||||||      |||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||| | ||||| ||
------aaggagaataatgtctatatagtaattgatcttaaaatgttcagcttaatttttattctcactgcatattcacattatgtgtttatttgttgatattcagGTATCGTTCTGGACTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTCCCCATTTATGAAGGGTATGCCCTCCCACATGCCATCCTGCGTCTTGACTTGGCAGGACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298181218|gb|HO022657.1|HO022657
EST:     TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGCGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|16346204|gb|BI971799.1|BI971799
EST:     TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGAC
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGAC
EST: gi|10236938|gb|BE805826.1|BE805826
EST:     TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGCGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|193396193|gb|FK363152.1|FK363152
EST:     TGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTTGGTAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTA
genomic: TGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTC-TGG-AGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTA
EST: gi|120530859|gb|EH258992.1|EH258992
EST:     TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|8282480|gb|BE020104.1|BE020104
EST:     TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGCGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|10846184|gb|BF069145.1|BF069145
EST:     TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|193387832|gb|FK354705.1|FK354705
EST:     TGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|193327916|gb|FK296415.1|FK296415
EST:     TGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|33387450|gb|CA850657.1|CA850657
EST:     TGTTGCCATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGCGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|254315473|gb|GR825282.1|GR825282
EST:     TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acatggattggtattgaaatgagttgatgtgttttttctatggtgtttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATGAAGGTTATGCCCTCCCACATGCAATCCTGCGTTTAGACCTTGCAGGGCG
                     agttgat  putative branch site (score: 5)
                               ttttttctat  TA-rich tract