Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcatgaatgttgaatgagatttgaaggtctagtagccatttaatgacatggattggtattgaaatgagttgatgtgttttttctatggtgtttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATGAAGGTTATGCCCTCCCACATGCAATCCTGCGTTTAGACCTTGCAGGGCG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G30110.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G30110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv08s0007g06520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
tcatgaatgttgaatgagatttgaaggtctagtagccatttaatgacatggattggtattgaaatgagttgatgtgttttttctatggt-gtttgttg-----tagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATGAAGGTTATGCCCTCCCACATGCAATCCTGCGTTTAGACCTTGCAGGGCG
| | |||| | | | | | | | | |||| | | | || | | | || | || | || | ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||| | ||||| ||
------aaggagaataatgtctatatagtaattgatcttaaaatgttcagcttaatttttattctcactgcatattcacattatgtgtttatttgttgatattcagGTATCGTTCTGGACTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTCCCCATTTATGAAGGGTATGCCCTCCCACATGCCATCCTGCGTCTTGACTTGGCAGGACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10236938|gb|BE805826.1|BE805826
EST:     TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGCGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|298181218|gb|HO022657.1|HO022657
EST:     TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGCGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|193396193|gb|FK363152.1|FK363152
EST:     TGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTTGGTAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTA
genomic: TGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTC-TGG-AGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTA
EST: gi|120530859|gb|EH258992.1|EH258992
EST:     TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|254315473|gb|GR825282.1|GR825282
EST:     TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|8282480|gb|BE020104.1|BE020104
EST:     TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGCGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|10846184|gb|BF069145.1|BF069145
EST:     TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|193387832|gb|FK354705.1|FK354705
EST:     TGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|193327916|gb|FK296415.1|FK296415
EST:     TGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|33387450|gb|CA850657.1|CA850657
EST:     TGTTGCCATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGCGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATG
EST: gi|16346204|gb|BI971799.1|BI971799
EST:     TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTG                         GTATTGTTCTGGAC
genomic: TGTTGCTATCCAGGCCGTGCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACAACTGgtaattgatc ... tttgttgtagGTATTGTTCTGGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acatggattggtattgaaatgagttgatgtgttttttctatggtgtttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATGAAGGTTATGCCCTCCCACATGCAATCCTGCGTTTAGACCTTGCAGGGCG
                     agttgat  putative branch site (score: 5)
 ttttttctat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcatgaatgttgaatgagatttgaaggtctagtagccatttaatgacatggattggtattgaaatgagttgatgtgttttttctatggtgtttgttgtagGTATTGTTCTGGACTCTGGAGATGGTGTCAGTCACACGGTGCCTATCTATGAAGGTTATGCCCTCCCACATGCAATCCTGCGTTTAGACCTTGCAGGGCG

-catgaat
- - - - - -gaatgag
- - - - - - - - - - - - - - - - -agccatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catggat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgatg