Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtctcagccttgttcacttgttggactaatttattaattatctccactaaatggttcaatcatacttttgtcaagaactaatattaatattaaatttggtcatgatatatatgcattggattattttgattgaataatttttgaggtgttttattgtagGTTGGTGGTATGGTGTCATTGGTCATTTGGAACAATGTCAAGGACATGGGAACCATTGCCATTGTCACTATAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G28210.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14259166|gb|BG882074.1|BG882074
EST:     TGGAGATCACATTGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATG                         GTTGGTGGTATGGTGTCATTGGTCATTTGGAACAATGTCAAGGACATGGGA
genomic: TGGAGATCACATTGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtatgtctca ... tttattgtagGTTGGTGGTATGGTGTCATTGGTCATTTGGAACAATGTCAAGGACATGGGA
EST: gi|58024860|gb|CX711601.1|CX711601
EST:     TGGAGATCACATTGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGATTTTCCTTATG                         GTTGGTGGTATGGTGTCATTGGTCATTTGGAACAATGTCAAGGACATGGGA
genomic: TGGAGATCACATTGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtatgtctca ... tttattgtagGTTGGTGGTATGGTGTCATTGGTCATTTGGAACAATGTCAAGGACATGGGA
EST: gi|11275131|gb|BF325454.1|BF325454
EST:     TGGAGATCACATTGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATG                         GTTGGTGGTATGGTGTCATTGGTCATTTGGAACAATGTCAAGGACATGGGA
genomic: TGGAGATCACATTGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtatgtctca ... tttattgtagGTTGGTGGTATGGTGTCATTGGTCATTTGGAACAATGTCAAGGACATGGGA
EST: gi|11274180|gb|BF324548.1|BF324548
EST:     AAGAAACAAAGAATTTCCTTATG                         GTTGGTGGTATGGTGTCATTGGTCATTTGGAACAATGTCAAGGACATGGGA
genomic: AAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtatgtctca ... tttattgtagGTTGGTGGTATGGTGTCATTGGTCATTTGGAACAATGTCAAGGACATGGGA
EST: gi|192306507|gb|FG997205.1|FG997205
EST:     TGGAGATCACATTGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATG                         GTTGGTGGTATGGTGTCATTGGTCATTTGGAACAATGTCAAGGACATGGGA
genomic: TGGAGATCACATTGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtatgtctca ... tttattgtagGTTGGTGGTATGGTGTCATTGGTCATTTGGAACAATGTCAAGGACATGGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatatatgcattggattattttgattgaataatttttgaggtgttttattgtagGTTGGTGGTATGGTGTCATTGGTCATTTGGAACAATGTCAAGGACATGGGAACCATTGCCATTGTCACTATAATG
                   ttttgat  putative branch site (score: 4)
                                            ttttatt  putative PPT
          attggattattttgat  TA-rich tract