1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...agatgcccagtgatcttgatcttgatgtttgataattaacttgtttatacagatatatattttttctatgaatattcctaattacttgctattgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTATTGAAGATCACAAACTTGATGACCAGTACCCTCTGGATCCTCTCCAGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G23740.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|21887756|gb|BQ740969.1|BQ740969
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|151393510|gb|EV263385.1|EV263385
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|192299754|gb|FG990049.1|FG990049
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|151410473|gb|EV280288.1|EV280288
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|192300297|gb|FG991429.1|FG991429
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|192310711|gb|FK001135.1|FK001135
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|193416578|gb|FK384510.1|FK384510
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|18848950|gb|BM568060.1|BM568060
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|5058187|gb|AI736663.1|AI736663
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|192294945|gb|FG986664.1|FG986664
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|207773521|gb|GD744547.1|GD744547
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|207745779|gb|GD720991.1|GD720991
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAAEST: gi|193714628|gb|FK649347.1|FK649347
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAA
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|207848605|gb|GD817964.1|GD817964
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: TCCCACTGCACAG ATTGANGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|213587279|gb|DB959574.1|DB959574
genomic: TCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTEST: gi|254340097|gb|GR858222.1|GR858222
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
EST: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAG ATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
genomic: GAAAAATTTCTTCTCCTGTCAGAAGTGTTAACTCATCTCCCACTGCACAGgtaagttgtt ... attgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGT
tatacagatatatattttttctatgaatattcctaattacttgctattgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTATTGAAGATCACAAACTTGATGACCAGTACCCTCTGGATCCTCTCCAGA
tcctaat putative branch site (score: 2)
ttgcctc putative PPT
atatatattttttcta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agatgcccagtgatcttgatcttgatgtttgataattaacttgtttatacagatatatattttttctatgaatattcctaattacttgctattgcctcagATTGATGTTAATGATCGAGAACTGATTGCACTTAAAGCTGTAATTAAGTGTATTGAAGATCACAAACTTGATGACCAGTACCCTCTGGATCCTCTCCAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
-gatgccc
- - - - - - - - - - cttgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tacttgc