Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagaatgtttaacattagtgttgtgagagatactatttactagttatatcatggtggagggaacttgagttgacttgttgctaggagttgtagGTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAATTTGGTGCATCTAGAGGCTATCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G01960.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G01960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv15s0048g01810.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtgagaatgtttaacattagtgttgtgagagatactatttactagttatatcatggtggagggaacttgagttgacttgttgctaggagttgtagGTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAATTTGGTGCATCTAGAGGCTATCAG
|||||||  ||     | | |      |   || ||  |   ||  || ||    |       ||  | ||| |||| |||||||    ||| |||||||||| ||||| || ||||| |||| ||||||||||||||| ||  ||||||||  |||||||||| |||||
gtgagaagtttgggggtcactagatctattcatcctgata--tatctacatagctgacagaaaaatgtaagtggactagttgctactccttgcagGTTGGACCACTACCAACCGGTGGCTCTTACATCATTATGGAATTTATTGAATTTGGTAGATCTAGAGGCGATCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|197661888|gb|FD480297.1|FD480297
EST:     GTACCTAAGCCCTATAAG                         GTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
genomic: GTACCTAAGCCCTATAAGgtgagaatgt ... ggagttgtagGTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
EST: gi|192313607|gb|FK007283.1|FK007283
EST:     TAGGAGCTATGTATGAAACCGGGACTATCCGTGTACCTAAGCCCTATAAG                         GTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
genomic: TAGGAGCTATGTATGAAACCGGGACTATCCGTGTACCTAAGCCCTATAAGgtgagaatgt ... ggagttgtagGTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
EST: gi|192318364|gb|FK007282.1|FK007282
EST:     TAGGAGCTATGTATGAAACCGGGACTATCCGTGTACCTAAGCCCTATAAG                         GTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
genomic: TAGGAGCTATGTATGAAACCGGGACTATCCGTGTACCTAAGCCCTATAAGgtgagaatgt ... ggagttgtagGTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
EST: gi|298191837|gb|HO035919.1|HO035919
EST:     TAGGAGCTATGTATGAAACCGGGACTATCCGTGTACCTAAGCCCTATAAG                         GTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
genomic: TAGGAGCTATGTATGAAACCGGGACTATCCGTGTACCTAAGCCCTATAAGgtgagaatgt ... ggagttgtagGTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
EST: gi|209708526|gb|BW668137.1|BW668137
EST:     TAGGAGCTATGTATGAAACCGGGACTATCCGTGTACCTAAGCCCTATAAG                         GTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
genomic: TAGGAGCTATGTATGAAACCGGGACTATCCGTGTACCTAAGCCCTATAAGgtgagaatgt ... ggagttgtagGTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
EST: gi|120496729|gb|EH224896.1|EH224896
EST:     TAGGAGCTATGTATGAAACCGGGACTATCCGTGTACCTAAGCCCTATAAG                         GTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
genomic: TAGGAGCTATGTATGAAACCGGGACTATCCGTGTACCTAAGCCCTATAAGgtgagaatgt ... ggagttgtagGTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
EST: gi|6133930|gb|AW132323.1|AW132323
EST:     TAGGAGCTATGTATGAAACCGGGACTATCCGTGTACCTAAGCCCTATAAG                         GTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
genomic: TAGGAGCTATGTATGAAACCGGGACTATCCGTGTACCTAAGCCCTATAAGgtgagaatgt ... ggagttgtagGTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
EST: gi|298164909|gb|HO010906.1|HO010906
EST:     TAGGAGCTATGTATGAAACCGGGACTATCCGTGTACCTAAGCCCTATAAG                         GTTGGACCGCTGCCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA
genomic: TAGGAGCTATGTATGAAACCGGGACTATCCGTGTACCTAAGCCCTATAAGgtgagaatgt ... ggagttgtagGTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actagttatatcatggtggagggaacttgagttgacttgttgctaggagttgtagGTTGGACCGCTACCTACTGGTGGTTCTTTCATCATTATGGAATTCATACAATTTGGTGCATCTAGAGGCTATCAG
                             agttgac  putative branch site (score: 4)
     ttatatcat  TA-rich tract