Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtattcatgctactgtaatttctaaatgatcatgtgcatatgagaagtgtttaatacatagtgtttcacaaagatatgattctaaatgcaatgtccagGCATTATTTCTTCACAGCAATGCTATTCGTATATGGCCGTATTCTCAGTCAACAACTTGTGAATACAGTGACTTCAGATAAATTCTTGTATAGATTTGTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G46440.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G46440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv19s0090g01220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtaagtattcatgctactgtaatttctaaatgatcatgtgcatatgagaagtgtttaatacatagtgtttcacaaagatatgattctaaatgcaatgtccagGCATTATTTCTTCACAGCAATGCTATTCGTATATGGCCGTATTCTCAGTCAACAACTTGTGAATACAGTGACTTCAGATAAATTCTTGTATAGATTTGTG
                  ||||   |||| |    |  ||        |||||  | ||||||           |    ||   | || |||  || |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||| | ||||||||||||| ||||   | |||
------------------gtaacgactaagtctctacatgttctcttcaagtgactgatacat---------ttagatgattgctttacatgttat-tccagGCATTTTTTCTTCACAGCAATGCTGTTCGTATATGGCCGTATTCTCAGTCAACAGCTTGTGAATACTATGAGTACAGATAAATTCTTCTATAAGCTCGTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaagtgtttaatacatagtgtttcacaaagatatgattctaaatgcaatgtccagGCATTATTTCTTCACAGCAATGCTATTCGTATATGGCCGTATTCTCAGTCAACAACTTGTGAATACAGTGACTTCAGATAAATTCTTGTATAGATTTGTG
                                    ttctaaa  putative branch site (score: 2)
                              atatgattctaaat  TA-rich tract