Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaaaataattacttctccaatcttaattatgcagtttcctttacatctatctacccttttttttgtgatagtagattgatgaaatgaacctttatggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAAATTACTGCCGTTGTCATAGTAGTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G44660.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G44660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g17390.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
------------------------------------------------aaaaataattacttctccaatcttaattatgc--agtttcctttacatctatc--tacccttttttttgtg-atagtagattgatgaa---atgaacctttatggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAAATTACTGCCGTTGTCATAGTAGTG
                                                | ||  ||| |    | | || |    |||||  |  ||   | | |   ||    |   ||||    ||| | |||   || ||  |    |     | | ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||   ||| ||||| | |||  | |  || || ||||||  |||||
gtatgttcccgagcacccaacaacgcaaatgctttggacagtgctagaagaaccaataaacatttccatatgggatatgctaatcttatctgatagtgatgaggagtattttaccagtggacagtgtgttcattcatgtgttgctatgtttggcagGCTGGTGGTATGGAGTTGTTGGCCACTTGGAGTCATGTGATGGAAGTGAGCACTTTTGTCGGTGTCATCTTAGTG

upper sequence: GLYMA02G44660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0009g02700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
-------aaaaataattacttctccaatcttaattatgcagtttcctttacatctatctacccttttttttgtgatagtagattgatgaaatgaacctttatggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAAATTACTGCCGTTGTCATAGTAGTG
         ||| ||  | ||||  | ||||    ||  |    |   |  ||     | |   ||  ||     |  | |||  ||||  ||      ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||  ||| ||||| ||||||| |||||
gcacacctcaaacaa--atttctttagtcttt-caatataaaaacaaatgaattatattgcaggttgattcac--tgcttgat--atgaggtgctatgatattgcagGTTGGTGGTATGGTATTGTAGGACACTTGGAATCATGTGATGGGAATGAATCTTATTGCCGCTGTCATAATAGTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22927453|gb|BU544592.1|BU544592
EST:     CGGTGATCACGTAGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATG                         GTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAA
genomic: CGGTGATCACGTAGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtttgttcct ... tttatggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAA
EST: gi|14259413|gb|BG882321.1|BG882321
EST:     CGGTGATCACGTAGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATG                         GTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAA
genomic: CGGTGATCACGTAGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtttgttcct ... tttatggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAA
EST: gi|58021523|gb|CX708264.1|CX708264
EST:     CGGTGATCACGTAGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATG                         GTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAA
genomic: CGGTGATCACGTAGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtttgttcct ... tttatggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAA
EST: gi|58024547|gb|CX711288.1|CX711288
EST:     CGGTGATCACGTAGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATG                         GTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAA
genomic: CGGTGATCACGTAGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtttgttcct ... tttatggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAA
EST: gi|19053546|gb|BM732213.1|BM732213
EST:     CGGTGATCACGTAGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATG                         GTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAA
genomic: CGGTGATCACGTAGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtttgttcct ... tttatggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAA
EST: gi|57575974|gb|CX548945.1|CX548945
EST:     CGGTGATCACGTAGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATG                         GTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAA
genomic: CGGTGATCACGTAGAGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGAATTTCCTTATGgtttgttcct ... tttatggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctatctacccttttttttgtgatagtagattgatgaaatgaacctttatggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAAATTACTGCCGTTGTCATAGTAGTG
                            gattgat  putative branch site (score: 4)
                                           cctttat  putative PPT
           ttttttttgtgata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaaaataattacttctccaatcttaattatgcagtttcctttacatctatctacccttttttttgtgatagtagattgatgaaatgaacctttatggcagGTTGGTGGTATGGTGTTGTAGGCCACTTGGAAGTATGCGATGGGAATGAAAATTACTGCCGTTGTCATAGTAGTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
-aaaataa
- - - - - -cttctcc
- - - - - - - - - - - - - - -tgcagtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatgaac