1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ataattacatccaattttgggaaagagtgtgctattttggcatcatgtgttaaacaaaaaattgtgtaaaaatttgagttgttgcttgtacttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAATTAAGAAAGCTGGTGTTGACCACAAAATTGAATTCAGAGAAGGTCCTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G11530.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|19936522|gb|BQ080903.1|BQ080903
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|308098994|gb|HO760835.1|HO760835
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|18733711|gb|BM527768.1|BM527768
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|19935964|gb|BQ080661.1|BQ080661
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCEST: gi|58023862|gb|CX710603.1|CX710603
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGC
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|192325510|gb|FK018421.1|FK018421
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|120494964|gb|EH223131.1|EH223131
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|26047747|gb|CA784441.1|CA784441
genomic: CGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|6951934|gb|AW424002.1|AW424002
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|7591492|gb|AW707224.1|AW707224
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|6072966|gb|AW102353.1|AW102353
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|192333796|gb|FK025841.1|FK025841
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|17401035|gb|BM177817.1|BM177817
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|15201563|gb|BI424930.1|BI424930
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|5678050|gb|AI939180.1|AI939180
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|19936001|gb|BQ080677.1|BQ080677
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|192294152|gb|FG986241.1|FG986241
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|120494829|gb|EH222996.1|EH222996
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGCCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|7588790|gb|AW704578.1|AW704578
genomic: CTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|5677754|gb|AI938893.1|AI938893
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|21601527|gb|BQ611858.1|BQ611858
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|151393914|gb|EV263785.1|EV263785
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCCTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|14991940|gb|BI317613.1|BI317613
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|192325368|gb|FK018354.1|FK018354
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|120493137|gb|EH221304.1|EH221304
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: ACCGCTTTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGCCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|23733582|gb|BU764995.1|BU764995
genomic: ACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTEST: gi|9258911|gb|BE347058.1|BE347058
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATT
EST: CTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|17402133|gb|BM178915.1|BM178915
genomic: CTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|16346918|gb|BI972513.1|BI972513
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAEST: gi|192304327|gb|FG996453.1|FG996453
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
EST: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAG ATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
genomic: CTGGATATTCACTTCTTGCCACCGCTCTCGCTCTTCCTGAAGATGGAAAGgtattaaaag ... cttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTA
tgtgttaaacaaaaaattgtgtaaaaatttgagttgttgcttgtacttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAATTAAGAAAGCTGGTGTTGACCACAAAATTGAATTCAGAGAAGGTCCTG
taaacaaaaaattgtg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ataattacatccaattttgggaaagagtgtgctattttggcatcatgtgttaaacaaaaaattgtgtaaaaatttgagttgttgcttgtacttggtgcagATCTTGGCCATGGATATTAACAGGGAGAATTATGAATTGGGTTTGCCAGTAATTAAGAAAGCTGGTGTTGACCACAAAATTGAATTCAGAGAAGGTCCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG