Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcacatgctgccttttgaactcactattcatatttcattgtattaccagagttgtaaatcttgcttacaagaaaaacttcacaattaacatggtttgtacaattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCAATATGGGGCTCCAGGGAATTCTTTAAATTTATCTTTGTGGTTAATCTTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G07160.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G07160.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv13s0019g04120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
--------gtatgcacatgctgccttttgaactcactattcatatttcattgtattaccagagttgtaaatcttgctt--acaagaaaaacttcacaattaacatggtttgtacaattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCAATATGGGGCTCCAGGGAATTCTTTAAATTTATCTTTGTGGTTAATCTTC
           |  || ||    ||||  |||||  | || |   ||  || | || || ||  ||    | ||||||  ||   | ||| ||     ||   |||||        ||||  ||   |||||||||||| |  |||| || ||| | || |||||||||||||| ||||||||| | || |||||||| || || |||||||| |||||  |||
gtacaacaacttctac-tgtaaactttgcaactctatttttaccctt-gttatttttcctgaaatgc---ttttgcttctacttcataaagtt----gttctgatggtcaaacttgttttccagACGGTGGTCAGCACAGTTGGTCTTCTTTTTTTGGGAAAGCTGCTTGAACCCATATGGGGCACTAGAGAATTCTTGAAGTTCATCTTTGTAGTTAACTTTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7796895|gb|AW782289.1|AW782289
EST:     TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGG                         GTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGGAGCTTG-TTGAACC
genomic: TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGGgtatgcacat ... aattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCT-GCTTGAACC
EST: gi|16105843|gb|BI893583.1|BI893583
EST:     TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGG                         GTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
genomic: TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGGgtatgcacat ... aattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
EST: gi|22523529|gb|BU082340.1|BU082340
EST:     TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGG                         GTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
genomic: TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGGgtatgcacat ... aattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
EST: gi|192312614|gb|FK004302.1|FK004302
EST:     TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGG                         GTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
genomic: TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGGgtatgcacat ... aattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
EST: gi|7284243|gb|AW596839.1|AW596839
EST:     TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGG                         GTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
genomic: TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGGgtatgcacat ... aattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
EST: gi|15204143|gb|BI426911.1|BI426911
EST:     TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGG                         GTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
genomic: TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGGgtatgcacat ... aattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
EST: gi|192312613|gb|FK004301.1|FK004301
EST:     TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGG                         GTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA
genomic: TTGCCTGGAATCTCATTACAGCTGGATATGTTGAACAATCTATATATGGGgtatgcacat ... aattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatcttgcttacaagaaaaacttcacaattaacatggtttgtacaattttatagGTAGTGGTCAGCACATTAAGTCTCCTGTTTATTGGGAAGCTGCTTGAACCAATATGGGGCTCCAGGGAATTCTTTAAATTTATCTTTGTGGTTAATCTTC
                           aattaac  putative branch site (score: 2)
                                      tttgtacaattttata  TA-rich tract