Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttttccacctaatgcatatgatacttgaatctcttatataaaaccattaatatattatcgcttgctttatcattttgctgatcctttgctgcatatgcagCTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGACTTGGAATAAGCAAGGAAGCTTCTGAAGATGAAATTCAAGGAGCAAGGAACTTCCTGAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G05670.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G05670.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g15033.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
---ttttccacctaatgcatatgatact-tgaatctcttatataaaaccattaatatattatcgcttgctttatcattttgctgatcctttgctgcatatgcagCTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGACTTGGAATAAGCAAGGAAGCTTCTGAAGATGAAATTCAAGGAGCAAGGAACTTCCTGAT
     |  ||  || |   |||  | || |   | |  |   |   |  | |  | | || |   ||      ||| |||  | | |  ||  |   | | ||||  | ||||| |||||  |||||| ||| || ||| | ||||||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||| ||  || ||||| || |||||
tgagatcacatatactttttattgtcctgtcggttttgttgtttggattagttcttttttgtaa-ttatcacctcacttt-ttaaccgcttaatt--tcttcagCCATCTTTCCTAGAATCCATGTGAAGGATCCCTATCAGCGACTTGGAATCAGCAGGGAAGCATCTGAAGAAGAAATTCGAGCTGCCAGGAATTTTCTGAT

upper sequence: GLYMA02G05670.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0023g02990.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
ttttccacctaatgcatatgatacttgaatctcttatat-aaaaccattaat-atattatcgcttgctttatcattttgctgatcctttgctgcatatgcagCTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGACTTGGAATAAGCAAGGAAGCTTCTGAAGATGAAATTCAAGGAGCAAGGAACTTCCTGAT
 ||      |   || | ||||  |||| |||    ||| |  |  | | || ||  | |   |  ||| |   || | || | |  |       | ||||||| | ||||| ||||| ||| | || |||||||| ||||||||||| || |||| ||| ||||||||||| || || ||||  ||||||||||||||| |
-ttgagttatgtggcttgtgat-tttgattcttagctattaggataaatgatcattcttttagtcccttgaagtttctacttaactgtctacctttttgcagCTATCTTTCCTAGAATCAATATAAGAGACCCATACAAACGACTTGGTATCAGCAGGGAGGCTTCTGAAGAAGAGATCCAAGCTGCAAGGAACTTCCTGGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193444184|gb|FK406612.1|FK406612
EST:     CAAAAGTGCCATGGATGCTTCATATGGTGATATGTCAAATGATTCTGCTG                         CTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGAC
genomic: CAAAAGTGCCATGGATGCTTCATATGGTGATATGTCAAATGATTCTGCTGgtaacttttc ... gcatatgcagCTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGAC
EST: gi|209716206|gb|BW654254.1|BW654254
EST:     CAAAAGTGCCATGGATGCTTCATATGGTGATATGTCAAATGATTCTGCTG                         CTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGACTTGGAATAA
genomic: CAAAAGTGCCATGGATGCTTCATATGGTGATATGTCAAATGATTCTGCTGgtaacttttc ... gcatatgcagCTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGACTTGGAATAA
EST: gi|213611913|gb|DB958923.1|DB958923
EST:     CAAAAGTGCCATGGATGCTTCATATGGTGATATGTCAAATGATTCTGCTG                         CTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGACTTGGAATAA
genomic: CAAAAGTGCCATGGATGCTTCATATGGTGATATGTCAAATGATTCTGCTGgtaacttttc ... gcatatgcagCTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGACTTGGAATAA
EST: gi|208271204|gb|GE068294.1|GE068294
EST:     CAAAAGTGCCATGGATGCTTCATATGGTGATATGTCAAATGATTCTGCTG                         CTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGACTTGGAATAA
genomic: CAAAAGTGCCATGGATGCTTCATATGGTGATATGTCAAATGATTCTGCTGgtaacttttc ... gcatatgcagCTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGACTTGGAATAA
EST: gi|193410767|gb|FK378910.1|FK378910
EST:     CAAAAGTGCCATGGATGCTTCATATGGTGATATGTCAAATGATTCTGCTG                         CTTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAA
genomic: CAAAAGTGCCATGGATGCTTCATATGGTGATATGTCAAATGATTCTGCTGgtaacttttc ... gcatatgcagCT-GTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAA
EST: gi|193633674|gb|FK579270.1|FK579270
EST:     TATGGTGATATGTCAAATGATTCTGCTG                         CTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGACTTGGAATAA
genomic: TATGGTGATATGTCAAATGATTCTGCTGgtaacttttc ... gcatatgcagCTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGACTTGGAATAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attaatatattatcgcttgctttatcattttgctgatcctttgctgcatatgcagCTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGACTTGGAATAAGCAAGGAAGCTTCTGAAGATGAAATTCAAGGAGCAAGGAACTTCCTGAT
                              tgctgat  putative branch site (score: 3)
                    tttatcatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttttccacctaatgcatatgatacttgaatctcttatataaaaccattaatatattatcgcttgctttatcattttgctgatcctttgctgcatatgcagCTGTTTTTCCAAGAATTAATGTGAGGGACCCATATAAACGACTTGGAATAAGCAAGGAAGCTTCTGAAGATGAAATTCAAGGAGCAAGGAACTTCCTGAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA