1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ctcacgatcatttacagctaaattctgacatctgatatatggatctaaaacctatagctcagatttacttatgttttcaattatcctgttacttgaatagGTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAACAGATACCGATACCTCGACTTTACATCTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G02600.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAG GTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTTGGAEST: gi|31459894|gb|CD401922.1|CD401922
genomic: ACCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAGgttctaaagc ... acttgaatagGTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGT-GGA
EST: CCAGACATGCCTATGGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAG GTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAAEST: gi|208098763|gb|GD891418.1|GD891418
genomic: CCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAGgttctaaagc ... acttgaatagGTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAA
EST: ACCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAG GTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAAEST: gi|15287962|gb|BI471853.1|BI471853
genomic: ACCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAGgttctaaagc ... acttgaatagGTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAA
EST: ACCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAG GTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAAEST: gi|10236299|gb|BE805187.1|BE805187
genomic: ACCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAGgttctaaagc ... acttgaatagGTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAA
EST: ACCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAG GTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAAEST: gi|254346945|gb|GR856667.1|GR856667
genomic: ACCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAGgttctaaagc ... acttgaatagGTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAA
EST: ACCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAG GTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAAEST: gi|17022553|gb|BM093587.1|BM093587
genomic: ACCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAGgttctaaagc ... acttgaatagGTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAA
EST: ACCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAG GTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAAEST: gi|27427037|gb|CA938557.1|CA938557
genomic: ACCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAGgttctaaagc ... acttgaatagGTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAA
EST: CCTATTGTTTATGCCAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAG GTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAAEST: gi|15203212|gb|BI425980.1|BI425980
genomic: CCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAGgttctaaagc ... acttgaatagGTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAA
EST: ACCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAG GTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAA
genomic: ACCAGACATGCCTATTGTTTATGCTAGTGACGCCTTCTTGAAATTGACAGgttctaaagc ... acttgaatagGTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAA
taaaacctatagctcagatttacttatgttttcaattatcctgttacttgaatagGTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAACAGATACCGATACCTCGACTTTACATCTG
atctaaa putative branch site (score: 3)
atttacttatgttttc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctcacgatcatttacagctaaattctgacatctgatatatggatctaaaacctatagctcagatttacttatgttttcaattatcctgttacttgaatagGTTATGCAAAAAATGAAGTTTTGGGCCACAACTGTAGATTTTTAGGTGGAACAGATACCGATACCTCGACTTTACATCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - ttctgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcctgtt