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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgtttaacaattataagtgtgtacattatctaaatcttaataatatcgggatcatatgttatttgttctaactatatactatattgattttcttggcagAGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTACAGTTTGGTACAGGTAGAGGTTGAAACTAAAACAGCTAAATCATCATCCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G00670.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298196385|gb|HO041128.1|HO041128
EST:     TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCG                         AGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
genomic: TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCGgtatgttttt ... ttcttggcagAGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
EST: gi|192311354|gb|FK003797.1|FK003797
EST:     TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCG                         AGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
genomic: TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCGgtatgttttt ... ttcttggcagAGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
EST: gi|298172563|gb|HO019603.1|HO019603
EST:     TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCG                         AGATTGGAAACTATGTATTCTTTCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
genomic: TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCGgtatgttttt ... ttcttggcagAGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
EST: gi|193727860|gb|FK664210.1|FK664210
EST:     TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCG                         AGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCATCCAGATTTAACTACCTGTAC
genomic: TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCGgtatgttttt ... ttcttggcagAGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
EST: gi|192302313|gb|FG996651.1|FG996651
EST:     TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCG                         AGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCATCCAGATTTAACTACCTGTAC
genomic: TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCGgtatgttttt ... ttcttggcagAGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
EST: gi|298175096|gb|HO014899.1|HO014899
EST:     TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCG                         AGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
genomic: TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCGgtatgttttt ... ttcttggcagAGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
EST: gi|192307246|gb|FK002352.1|FK002352
EST:     TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCG                         AGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
genomic: TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCGgtatgttttt ... ttcttggcagAGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
EST: gi|192311355|gb|FK003798.1|FK003798
EST:     TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCG                         AGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
genomic: TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCGgtatgttttt ... ttcttggcagAGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
EST: gi|298167819|gb|HO013082.1|HO013082
EST:     TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCG                         AGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
genomic: TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCGgtatgttttt ... ttcttggcagAGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
EST: gi|192300660|gb|FG989647.1|FG989647
EST:     TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCG                         AGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
genomic: TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCGgtatgttttt ... ttcttggcagAGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
EST: gi|151406949|gb|EV276764.1|EV276764
EST:     TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCG                         AGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC
genomic: TTGGAGCTGCTATGGCCCTTGTTAAATCTGACATAGGTGGTAACATATCGgtatgttttt ... ttcttggcagAGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcgggatcatatgttatttgttctaactatatactatattgattttcttggcagAGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTACAGTTTGGTACAGGTAGAGGTTGAAACTAAAACAGCTAAATCATCATCCA
                                           ttttctt  CT-rich tract
              ttatttgttctaacta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ttgtttaacaattataagtgtgtacattatctaaatcttaataatatcgggatcatatgttatttgttctaactatatactatattgattttcttggcagAGATTGGAAACTATGTATTCTTCCAATCCAACCAGATTTAACTACCTGTACAGTTTGGTACAGGTAGAGGTTGAAACTAAAACAGCTAAATCATCATCCA

- - - - - - - - - tgtgtac
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