1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtaatttcccccaccttttgctcctgccaaatactaatgtttcaaataccctgccaaatactaacatcatatccatggctgtgcaaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATTTATGAAAGATAAAGTGAATGACCGAACAGACGAATATGGTGGATCCCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G44600.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTGGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGC-TGAGCAAAEST: gi|6724334|gb|AW308733.1|AW308733
genomic: AAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGC-AA
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGTGGTTGACATCTCATGGG-CTCATAGCTACCTGCTTEST: gi|19937188|gb|BQ081188.1|BQ081188
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATC-CATGGGGCTCATGGCTACCTGCTT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCCATEST: gi|21637821|gb|BM107976.1|BM107976
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: CATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGANATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|298197029|gb|HO041716.1|HO041716
genomic: CATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGG-AATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTEST: gi|192297056|gb|FG990327.1|FG990327
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|254345565|gb|GR851727.1|GR851727
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|7588905|gb|AW704690.1|AW704690
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|192295796|gb|FG990862.1|FG990862
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|33388659|gb|CA851866.1|CA851866
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|298196403|gb|HO041146.1|HO041146
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGEST: gi|15814078|gb|BI786353.1|BI786353
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGG
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGEST: gi|33390375|gb|CA853570.1|CA853570
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTG
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|7926222|gb|AW832248.1|AW832248
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|8284685|gb|BE022227.1|BE022227
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTNTGATGGGGTTGAGATCCATGGNGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|19935988|gb|BQ080671.1|BQ080671
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|7638963|gb|AW733295.1|AW733295
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|8282576|gb|BE020137.1|BE020137
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|15815611|gb|BI787886.1|BI787886
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCNAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGEST: gi|17153052|gb|BM142985.1|BM142985
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAG
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|19938439|gb|BQ081720.1|BQ081720
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|192322649|gb|FK014986.1|FK014986
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|192324298|gb|FK018274.1|FK018274
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCACGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|14991432|gb|BI317105.1|BI317105
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|14989963|gb|BI315636.1|BI315636
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAAATCCATGGGGCTCATGGCEST: gi|18732748|gb|BM527225.1|BM527225
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGC
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|163923188|gb|EH039639.1|EH039639
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: CTGC-AGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|13562991|gb|BG551211.1|BG551211
genomic: CTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAATTGTCTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|15203493|gb|BI426261.1|BI426261
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|7925485|gb|AW831511.1|AW831511
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|17400292|gb|BM177074.1|BM177074
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCCATEST: gi|254319835|gb|GR830859.1|GR830859
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|15815436|gb|BI787711.1|BI787711
genomic: GCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCCTTGAGCA-EST: gi|37997291|gb|CF808880.1|CF808880
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGC-TTGAGCAA
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|19936789|gb|BQ081013.1|BQ081013
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATEST: gi|14258930|gb|BG881829.1|BG881829
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
EST: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTG GTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
genomic: GCATATTGTAAATGACTTCAGACTTGCTGCAAGGAATGCCATCGAAGCTGgtaatttccc ... caaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAAT
gtttcaaataccctgccaaatactaacatcatatccatggctgtgcaaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATTTATGAAAGATAAAGTGAATGACCGAACAGACGAATATGGTGGATCCCT
tactaac putative branch site (score: 0)
aaatactaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatttcccccaccttttgctcctgccaaatactaatgtttcaaataccctgccaaatactaacatcatatccatggctgtgcaaattgtagGTTTTGATGGGGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTGCTTGAGCAATTTATGAAAGATAAAGTGAATGACCGAACAGACGAATATGGTGGATCCCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA