1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
...attttatatgattttgatatttcatatttgcatatgattatatttatagtttctagcaatttgttcttttcagcttaattcatatattgctggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCATGCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G43470.3 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCEST: gi|213596837|gb|DB964100.1|DB964100
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCEST: gi|208183242|gb|GD981464.1|GD981464
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAEST: gi|209718138|gb|BW657797.1|BW657797
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGA
EST: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCEST: gi|308097989|gb|HO761160.1|HO761160
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCEST: gi|213593798|gb|DB957918.1|DB957918
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCEST: gi|213603942|gb|DB964962.1|DB964962
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCEST: gi|209713723|gb|BW681863.1|BW681863
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCEST: gi|193373262|gb|FK336142.1|FK336142
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCEST: gi|213617043|gb|DB961523.1|DB961523
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAEST: gi|209712293|gb|BW668487.1|BW668487
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCA
EST: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCEST: gi|209718875|gb|BW669062.1|BW669062
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCEST: gi|16996081|gb|BM085453.1|BM085453
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
atagtttctagcaatttgttcttttcagcttaattcatatattgctggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCATGCAG
gcttaat putative branch site (score: 4)
ttaattcatatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attttatatgattttgatatttcatatttgcatatgattatatttatagtttctagcaatttgttcttttcagcttaattcatatattgctggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCATGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - tgcatat