Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attttatatgattttgatatttcatatttgcatatgattatatttatagtttctagcaatttgttcttttcagcttaattcatatattgctggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCATGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G43470.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G43470.5 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv02s0025g01410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
attttatatgattttgatatttcatatttgca--tatgattatatttatagtttctagcaatttgttcttttcagcttaattcatatattgctggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCATGCAG
  |||   |  | ||| |     || ||      |  || ||| ||  | || || |    | |||   || |   |  ||  ||  | |||||| ||  |||| | |  ||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||| ||
--ttttcttcttcttggttggagatcttcctcattgagagtattttcttcgtgtcaaattctatgtatcttgcttatagatatattaactgctggcttttagGGAGGACGATGTGGTATCTATGGTGCTAATTCTGCTGAGTGGATCATGAGCATGGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193340883|gb|FK307160.1|FK307160
EST:     ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA                         GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: gi|213596837|gb|DB964100.1|DB964100
EST:     ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA                         GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: gi|208183242|gb|GD981464.1|GD981464
EST:     ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA                         GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGA
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGA
EST: gi|209718138|gb|BW657797.1|BW657797
EST:     ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA                         GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: gi|308097989|gb|HO761160.1|HO761160
EST:     ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA                         GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: gi|213593798|gb|DB957918.1|DB957918
EST:     ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA                         GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: gi|213603942|gb|DB964962.1|DB964962
EST:     ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA                         GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: gi|209713723|gb|BW681863.1|BW681863
EST:     ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA                         GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: gi|193373262|gb|FK336142.1|FK336142
EST:     ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA                         GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: gi|213617043|gb|DB961523.1|DB961523
EST:     ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA                         GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCA
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCA
EST: gi|209712293|gb|BW668487.1|BW668487
EST:     ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA                         GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: gi|209718875|gb|BW669062.1|BW669062
EST:     ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA                         GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
EST: gi|16996081|gb|BM085453.1|BM085453
EST:     ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAA                         GGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC
genomic: ACCAGGTGATGAAAGTTGGGAATTCTATCCGCAGCTGTGGTTATGGAGAAgtaagtcagc ... tggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atagtttctagcaatttgttcttttcagcttaattcatatattgctggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCATGCAG
                           gcttaat  putative branch site (score: 4)
                             ttaattcatatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attttatatgattttgatatttcatatttgcatatgattatatttatagtttctagcaatttgttcttttcagcttaattcatatattgctggtttgcagGGTGTAAAATGTGGTATTTACGGTGCTAATTCTGCAGAATGGATTATGAGCATGCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG