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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttcaattcattattttttgtctatatagttttcttctgtatttatgtaaaaaaattggacctcttgaagatatttgctacttgtgttcattctggtacagAAATCAAAGAATGACCGAGGATCAGTCAGTTGTAGGCCGGAGACGAATTTATTATGATCAGAATGGTGGAGAAGCACTGATTTGCAGTGACAGTGAAGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G39490.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G39490.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G23380.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
ttcaattcattattttt--tgtctatatagttttcttctgtatttatgtaaaaaaattggacctcttgaagatatttgctacttgtgttcattct------ggtacagAAATCAAAGAATGACCGAGGATCAGTCAGTTGTAGGCCGGAGACGAATTTATTATGATCAGAATGGTGGAGAAGCACTGATTTGCAGTGACAGTGAAGAG
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----gtatgttgacattaatgtcgcaagagtacttgaaaatattcaagttgaaatgtaagcccctcgcatagtatcttaacgttataatcactcttgaaatgatgcagAAATCAAAGAATGACTGAAGACCAGTCTGTAGTGGGTCGAAGGAGAATTTATTATGATCAAACTGGCGGGGAAGCGCTTATCTGCAGTGATAGTGAAGAG

upper sequence: GLYMA01G39490.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv07s0031g00320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
ttcaattcatta-ttttttgtctatatagttttcttctgtatt-tatgtaaaaaaattggacctcttgaagatatttgctact-tgtgttcattctggtacagAAATCAAAGAATGACCGAGGATCAGTCAGTTGTAGGCCGGAGACGAATTTATTATGATCAGAATGGTGGAGAAGCACTGATTTGCAGTGACAGTGAAGAG
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---gatttattaatcttccattgttgttgttcatttctattttatctgctcttaatttcagcttgttctaaaaaaataatattctatgataactttggtgcagAAATCAAAGAATGACAGAGGATCAGTCAGTAGTTGGTCGTAGGAGAATTTATTATGACCAAACTGGTGGTGAAGCTTTAATTTGCAGTGACAGTGAGGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaaaaaaattggacctcttgaagatatttgctacttgtgttcattctggtacagAAATCAAAGAATGACCGAGGATCAGTCAGTTGTAGGCCGGAGACGAATTTATTATGATCAGAATGGTGGAGAAGCACTGATTTGCAGTGACAGTGAAGAG
                                        ttcattct  CT-rich tract
                     aagatattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ttcaattcattattttttgtctatatagttttcttctgtatttatgtaaaaaaattggacctcttgaagatatttgctacttgtgttcattctggtacagAAATCAAAGAATGACCGAGGATCAGTCAGTTGTAGGCCGGAGACGAATTTATTATGATCAGAATGGTGGAGAAGCACTGATTTGCAGTGACAGTGAAGAG

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