Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttctgtcataatgtataggtagacaatgggtagatgcatattatatataatataacctagatgagtgcatggctaattatgaagttttgttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTGATTGAAAAGGCTGGAGTGGCTCACAAGATTGACTTCAGAGAAGGACCCG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G39460.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192329697|gb|FK022949.1|FK022949
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|213590575|gb|DB973320.1|DB973320
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGANAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|7587911|gb|AW703717.1|AW703717
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|37995278|gb|CF806867.1|CF806867
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|192302885|gb|FG998567.1|FG998567
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|37995460|gb|CF807049.1|CF807049
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|254334128|gb|GR849046.1|GR849046
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|254344201|gb|GR855286.1|GR855286
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|192319030|gb|FK006870.1|FK006870
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|208279142|gb|GE076667.1|GE076667
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|192302884|gb|FG998566.1|FG998566
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|192329604|gb|FK022240.1|FK022240
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGTCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGT
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGT
EST: gi|254341478|gb|GR850691.1|GR850691
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|254341479|gb|GR850692.1|GR850692
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|15203964|gb|BI426741.1|BI426741
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|192319031|gb|FK006871.1|FK006871
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|254336450|gb|GR842629.1|GR842629
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|192312912|gb|FK004054.1|FK004054
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|254334127|gb|GR849045.1|GR849045
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|7591460|gb|AW707192.1|AW707192
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|192312913|gb|FK004055.1|FK004055
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|298174983|gb|HO017978.1|HO017978
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|254317284|gb|GR826229.1|GR826229
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|192299316|gb|FG990741.1|FG990741
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|254336451|gb|GR842630.1|GR842630
EST:     TTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: TTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|209697719|gb|BW655620.1|BW655620
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|192294842|gb|FG987531.1|FG987531
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|37996206|gb|CF807795.1|CF807795
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|13252345|gb|BG363248.1|BG363248
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|254317493|gb|GR826477.1|GR826477
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
EST: gi|192298656|gb|FG988567.1|FG988567
EST:     CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTTGGGGTTTGCCCG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATT-GGGGTT-GCCCG
EST: gi|254344202|gb|GR855287.1|GR855287
EST:     CTGGTTACTCCTTGC-TTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAG                         ATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG
genomic: CTGGTTACTCCTTGCTTTCCACTGCCCTTGCCCTCCCTTCTGACGGAAAGgtccctaatt ... ttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atataatataacctagatgagtgcatggctaattatgaagttttgttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTGATTGAAAAGGCTGGAGTGGCTCACAAGATTGACTTCAGAGAAGGACCCG
                          ggctaat  putative branch site (score: 3)
                                        ttttgtt  putative PPT
                             taattatgaagtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttctgtcataatgtataggtagacaatgggtagatgcatattatatataatataacctagatgagtgcatggctaattatgaagttttgttgaaattagATCTTAGCTATGGATGTTAACCGGGAATATTATGAATTGGGGTTGCCCGTGATTGAAAAGGCTGGAGTGGCTCACAAGATTGACTTCAGAGAAGGACCCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
-ttctgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgaag