1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tcggatatcttttatgaggcgtgatgcttataatctgtgtcctacatacgaaggaaaacttttatcaagttgcttgacacgatgaatggatattgtgcagGTTTTGATAACAATACGTCAGCAACCCTCCTGAGTCTTTTTGCTATTGGATGTGCTATGGGGTCATTCATTGGTGGATCAATAGCTGATCAACTATCACA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G38460.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atacgaaggaaaacttttatcaagttgcttgacacgatgaatggatattgtgcagGTTTTGATAACAATACGTCAGCAACCCTCCTGAGTCTTTTTGCTATTGGATGTGCTATGGGGTCATTCATTGGTGGATCAATAGCTGATCAACTATCACA
gcttgac putative branch site (score: 4)
aaaacttttatcaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcggatatcttttatgaggcgtgatgcttataatctgtgtcctacatacgaaggaaaacttttatcaagttgcttgacacgatgaatggatattgtgcagGTTTTGATAACAATACGTCAGCAACCCTCCTGAGTCTTTTTGCTATTGGATGTGCTATGGGGTCATTCATTGGTGGATCAATAGCTGATCAACTATCACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - -atgaggc
- - - - - - - - - - -tgatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - atctgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcctaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaggaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttgctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgaatgg