Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatcatgatatctacagtgacaatgtagcactgacttttattattatgtgaatacatctcttattttactccattttagGTTGCTGATGCTGTAGAGCCTGATACCAAGAATGAGGAGAGTCCTTTGCTGGTAACTGTCAGGGGAAAGTGCATTACACAGTTATTGCTTCTTGGTGCAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G17610.1
intron # 29
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193335785|gb|FK299715.1|FK299715
EST:     AATCTAAAAGCCATATATCTGATGCTTCTCAATCATCTTCTCCAATTAAG                         GTTGCTGATGTTGTAGAGCCTGATA
genomic: AATCTAAAAGCCATATATCTGATGCTTCTCAATCATCTTCTCCAATTAAGgtatcatgat ... tccattttagGTTGCTGATGCTGTAGAGCCTGATA
EST: gi|298185279|gb|HO030492.1|HO030492
EST:     AATCTAAAAGCCATATATCTGATGCATCTCAATCATCTTCTCCAATTAAG                         GTTGCTGATGCTGTAGAGCCTGATACCAAGAATGAGGAGAGTCCTTTGCTG
genomic: AATCTAAAAGCCATATATCTGATGCTTCTCAATCATCTTCTCCAATTAAGgtatcatgat ... tccattttagGTTGCTGATGCTGTAGAGCCTGATACCAAGAATGAGGAGAGTCCTTTGCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtagcactgacttttattattatgtgaatacatctcttattttactccattttagGTTGCTGATGCTGTAGAGCCTGATACCAAGAATGAGGAGAGTCCTTTGCTGGTAACTGTCAGGGGAAAGTGCATTACACAGTTATTGCTTCTTGGTGCAA
    cactgac  putative branch site (score: 2)
                                tctcttattttactcc  putative PPT
           ttttattattatgtga  TA-rich tract