Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atatgtgcccaattcatttttcaccttgtattcgtgttcacgttttcttctttctttactcttgtgattgatgacggacaaaattctttcaaacctgcagATCTTTAATGAATTTAATGCTCGAAAGCCAGATGAATTCAACATATTCAAAGGAGTCACAAGAAACTACCTCTTTATGGGTATCATTGGATTAACTGTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G06890.1
intron # 29
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17020701|gb|BM091735.1|BM091735
EST:     CAATCAAAGTGAAGAATACTTTGATATTCAATGCATTTGTTCTCTGTCAA                         ATCTTTAATGAATTTAATGCTCGAAAGCCAGATGAATTCAACATATTCAAA
genomic: CAATCAAAGTGAAGAATACTTTGATATTCAATGCATTTGTTCTCTGTCAAgtaagtcttc ... aaacctgcagATCTTTAATGAATTTAATGCTCGAAAGCCAGATGAATTCAACATATTCAAA
EST: gi|15337121|gb|BI497777.1|BI497777
EST:     CAATCAAAGTGAAGAATACTTTGATATTCAATGCATTTGTTCTCTGTCAA                         ATCTTTAATGAATTTAATGCTCGAAAGCCAGATGAATTCAACATATTCAAA
genomic: CAATCAAAGTGAAGAATACTTTGATATTCAATGCATTTGTTCTCTGTCAAgtaagtcttc ... aaacctgcagATCTTTAATGAATTTAATGCTCGAAAGCCAGATGAATTCAACATATTCAAA
EST: gi|9820234|gb|BE555744.1|BE555744
EST:     CAATCAAAGTGAAGAATACTNTGATATTCAATGCATNTGTTCTCTGTCAA                         ATCTTTAATGAATTTAATGCTCGAAAGCCAGATGAATTCAACATATTCGAA
genomic: CAATCAAAGTGAAGAATACTTTGATATTCAATGCATTTGTTCTCTGTCAAgtaagtcttc ... aaacctgcagATCTTTAATGAATTTAATGCTCGAAAGCCAGATGAATTCAACATATTCAAA
EST: gi|17020693|gb|BM091727.1|BM091727
EST:     CAATCAAAGTGAAGAATACTTTGATATTCAATGCATTTGTTCTCTGTCAA                         ATCTTTAATGAATTTAATGCTCGAAAGCCAGATGAATTCAACATATTCAAA
genomic: CAATCAAAGTGAAGAATACTTTGATATTCAATGCATTTGTTCTCTGTCAAgtaagtcttc ... aaacctgcagATCTTTAATGAATTTAATGCTCGAAAGCCAGATGAATTCAACATATTCAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttctttctttactcttgtgattgatgacggacaaaattctttcaaacctgcagATCTTTAATGAATTTAATGCTCGAAAGCCAGATGAATTCAACATATTCAAAGGAGTCACAAGAAACTACCTCTTTATGGGTATCATTGGATTAACTGTTG
                    gattgat  putative branch site (score: 4)
                                      ttctttca  putative PPT
                                  aaaattctttcaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atatgtgcccaattcatttttcaccttgtattcgtgttcacgttttcttctttctttactcttgtgattgatgacggacaaaattctttcaaacctgcagATCTTTAATGAATTTAATGCTCGAAAGCCAGATGAATTCAACATATTCAAAGGAGTCACAAGAAACTACCTCTTTATGGGTATCATTGGATTAACTGTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAA
- - -tgcccaa
- - - - - - - - - - -caccttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - tgttcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggacaaaa