Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgtgtatatattgtataatcttattatattcagaatgctttctaacctttacaatttgcttgaaatttttggatttcctaattgtttcaaattttgcagTATGCACGCCAGCAGTTGCTTGCTTTTATGTTTAGGCATGGTCATTACCATGATGCTTGCTCCTTGTTCTTTCCTCCTGATGAGGTCCCACCGCCACCAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G07850.1
intron # 29
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G07850.1 (Glycine max), 3'ss of exon 29
lower sequence: Vv04s0008g04520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 30
----atgtgtatatat-tgtataatcttattatattc-agaatgctttctaacctttacaatttgcttgaaatttttggatttcctaattgtttcaaattttgcagTATGCACGCCAGCAGTTGCTTGCTTTTATGTTTAGGCATGGTCATTACCATGATGCTTGCTCCTTGTTCTTTCCTCCTGATGAGGTCCCACCGCCACCAC
         || |||    | || |  |  |  ||   |||||| | |    |  | |    |     |||| ||    | |   || ||  |  |   ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||| ||||    ||||||||||| |  |||  || || || || || |
tatagctaatacataaacatgtattagtgatgcatctgagaatgttcttagtctctcatggatgatgagaaactt----aatgtgtactttctcta--ctttgcagTATGCACGTCAGCATTTGCTTACTTTTATGTTCAGGCATGGTCATTATAATGATGGTTGCATGCTGTTCTTTCCTACAAATGCTGTTCCTCCTCCTCCTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5606362|gb|AI900460.1|AI900460
EST:     GTAACCTGGACAATGTTAGATATACTGAATGTGTTACTTACTTGAAAGAG                         TATGCACGCCAGCAGTTGCTTGCTTTTATGTTTAGGCATGGTCATTACCAT
genomic: GTAACCTGGACAATGTTAGATATACTGAATGTGTTACTTACTTGAAAGAGgtgagtgtaa ... aattttgcagTATGCACGCCAGCAGTTGCTTGCTTTTATGTTTAGGCATGGTCATTACCAT
EST: gi|7691933|gb|AW760050.1|AW760050
EST:     GTAACCTGGACAATGTTAGATATACTGAATGTGTTACTTACTTGAAAGAG                         TATGCACGCCAGCAGTTGCTTGCTTTTATGTTTAGGCATGGTCATTACCAT
genomic: GTAACCTGGACAATGTTAGATATACTGAATGTGTTACTTACTTGAAAGAGgtgagtgtaa ... aattttgcagTATGCACGCCAGCAGTTGCTTGCTTTTATGTTTAGGCATGGTCATTACCAT
EST: gi|5753461|gb|AI960748.1|AI960748
EST:     GTAACCTGGACAATGTTAGATATACTGAATGTGTTACTTACTTGAAAGAG                         TATGCACGCCAGCAGTTGCTTGCTTTTATGTTTAGGCATGGTCATTACCAT
genomic: GTAACCTGGACAATGTTAGATATACTGAATGTGTTACTTACTTGAAAGAGgtgagtgtaa ... aattttgcagTATGCACGCCAGCAGTTGCTTGCTTTTATGTTTAGGCATGGTCATTACCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acctttacaatttgcttgaaatttttggatttcctaattgtttcaaattttgcagTATGCACGCCAGCAGTTGCTTGCTTTTATGTTTAGGCATGGTCATTACCATGATGCTTGCTCCTTGTTCTTTCCTCCTGATGAGGTCCCACCGCCACCAC
                                  taattgtttcaaattt  TA-rich tract