Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttgtatgcaagtcattaagctacattcatgcttgtaaagactttatatggttgactgttctaatccgtgaggtttttccatacgtttcacattgcagGCAGTTTTGAGGGCACTATATGCTTATTTTGCTGACAGACCTTTGAACGAAATTCCGCATATAGCG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G27410.1
intron # 28
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G27870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 22
lower sequence: Vv06s0004g06920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 21
gttgtatgcaagtcattaagctacattcatgcttgtaaagactttatatggttgactgttctaatccgtgaggtttttccatacgtttcacattgcagGCAGTTTTGAGGGCACTATATGCTTATTTTGCTGACAGACCTTTGAACGAAATTCCGCATATAGCG
       |  |   ||| |  || | |  || |  |      ||    || |     |||  || || | |   | |  |||   |||    ||| |||| || ||||| ||  |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || || || | |
-------gttatatattgaattaaacttgtgttcttttcagtttctggtgtt--gtggttagaaaccttaaaagtgt--cattgcttt---gttgtagGCGGTATTGAGAGCGTTATATGCTTACTTTGCTGACAGGCCTTTGAAAGAAATCCCACACATTGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatatggttgactgttctaatccgtgaggtttttccatacgtttcacattgcagGCAGTTTTGAGGGCACTATATGCTTATTTTGCTGACAGACCTTTGAACGAAATTCCGCATATAGCG
               ttctaat  putative branch site (score: 2)
               ttctaat  TA-rich tract