Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgccgttggctaggtttatgtttttgtgcgtgtattgcaaaaacaagtaagcctgtccccttatttatgtctattactaattcacttttctactttttaaaaattattgctgataagaacaactttgaacctactgaaatgttgaagtgcatgacagGGACAGGCTATGGACATATCACCTGAAGATCACTATATGTTGAAACTTACGAATGTGAATTGCTTGGGTTTGCAGTGGGCAGAACTAGCCAAAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G02580.1
intron # 28
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9902960|gb|BE611928.1|BE611928
EST:     ATGGTGTACCAAAGCCCACTATCCAACAAATTCAGAAGCATCTGAAGGAG                         GGACAGGCTATGGACATATCACCTGAAGATCACTATATGTTGAAACTTACG
genomic: ATGGTGTACCAAAGCCCACTATCCAACAAATTCAGAAGCATCTGAAGGAGgtatgtgccg ... tgcatgacagGGACAGGCTATGGACATATCACCTGAAGATCACTATATGTTGAAACTTACG
EST: gi|208074348|gb|GD868713.1|GD868713
EST:     TATCCAACAAATTCAGAAGCATCTGAAGGAG                         GGACAGGCTATGGACATATCACCTGAAGATCACTATATGTTGAAACTTACG
genomic: TATCCAACAAATTCAGAAGCATCTGAAGGAGgtatgtgccg ... tgcatgacagGGACAGGCTATGGACATATCACCTGAAGATCACTATATGTTGAAACTTACG
EST: gi|151408906|gb|EV278714.1|EV278714
EST:     ATGGTGTACCAAAGCCCACTATCCAACAAATTCAGAAGCATCTGAAGGAG                         GGACAGGCTATGGACATATCACCCTGAAGATCACTATATGTTGAAACTTAC
genomic: ATGGTGTACCAAAGCCCACTATCCAACAAATTCAGAAGCATCTGAAGGAGgtatgtgccg ... tgcatgacagGGACAGGCTATGGACATATCACC-TGAAGATCACTATATGTTGAAACTTAC
EST: gi|192331355|gb|FK019644.1|FK019644
EST:     ATGGTGTACCAAAGCCCACTATCCAACAAATTCAGAAGCATCTGAAGGAG                         GGACAGGCTATGGACATATCACCTGAAGATCACTATATGTTGAAACTTACG
genomic: ATGGTGTACCAAAGCCCACTATCCAACAAATTCAGAAGCATCTGAAGGAGgtatgtgccg ... tgcatgacagGGACAGGCTATGGACATATCACCTGAAGATCACTATATGTTGAAACTTACG
EST: gi|12773674|gb|BG238601.1|BG238601
EST:     ATGGTGTACCAAAGCCCACTATCCAACAAATTCAGAAGCATCTGAAGGAG                         GGACAGGCTATGGACATATCACCTGAAGATCACTATATGTTGAAACTTACG
genomic: ATGGTGTACCAAAGCCCACTATCCAACAAATTCAGAAGCATCTGAAGGAGgtatgtgccg ... tgcatgacagGGACAGGCTATGGACATATCACCTGAAGATCACTATATGTTGAAACTTACG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attattgctgataagaacaactttgaacctactgaaatgttgaagtgcatgacagGGACAGGCTATGGACATATCACCTGAAGATCACTATATGTTGAAACTTACGAATGTGAATTGCTTGGGTTTGCAGTGGGCAGAACTAGCCAAAAAG
     tgctgat  putative branch site (score: 3)
          ataagaa  TA-rich tract