Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcgtcatctccaattttttgctatgctgccatttggtatcttttattttgttggttcttgggcttgcttgaagagaaatttccactgtgcttttatatccagtgcttactaaaatgttaaatttccattctagGGTCCACTGATGGCCTGCTACGTTTTTGGGAAAATGATGATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G04510.1
intron # 28
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151409550|gb|EV279358.1|EV279358
EST:     GCCAATATTATGTGTTGAGTATTCTTCTTTAGACAGAGGAATAATTACAG                         GGTCCACTGATGGCCTGCCACGTTTTTGGGAAAATGATGATG
genomic: GCCAATATTATGTGTTGAGTATTCTTCTTTAGACAGAGGAATAATTACAGgtgcgtcatc ... tccattctagGGTCCACTGATGGCCTGCTACGTTTTTGGGAAAATGATGATG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttccactgtgcttttatatccagtgcttactaaaatgttaaatttccattctagGGTCCACTGATGGCCTGCTACGTTTTTGGGAAAATGATGATG
                            tactaaa  putative branch site (score: 1)
                                           tttccattct  putative PPT
                           ttactaaaatgttaaa  TA-rich tract