Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

taggtattccttttgaattcatgcataagcatacacagcttatatcactgttgtatagttgatatctgaatggtgtttgtggttcttgctctacccgtgcagcTGTGTGAAGCAAGTGGAAGTTCTCTTGGTTATGGATATAATAGAACTATGAACAAACCCAAATCTCCATCCCCAGATTCATTAGATGAGACTACAGTCTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G46420.1
intron # 27
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207812910|gb|GD785810.1|GD785810
EST:     AGCAACTATAAATGAATTCCGATCTCGACATCTGGCTGAGCTCACAGAGC                         TGTGTGAAGCAAGTGGAAGTTCTCTTGGTTATGGATATAATAGAACTATGA
genomic: AGCAACTATAAATGAATTCCGATCTCGACATCTGGCTGAGCTCACAGAGGtaggtattcc ... cccgtgcagcTGTGTGAAGCAAGTGGAAGTTCTCTTGGTTATGGATATAATAGAACTATGA
EST: gi|10232795|gb|BE801683.1|BE801683
EST:     AGCAACTATAAATGAATTCCGATCTCGACATCTGGCTGAGCTCACAGAGC                         TGTGTGAAGCAAGTGGAAGTTCTCTTGGTTATGGATATAATAGAACTATGA
genomic: AGCAACTATAAATGAATTCCGATCTCGACATCTGGCTGAGCTCACAGAGGtaggtattcc ... cccgtgcagcTGTGTGAAGCAAGTGGAAGTTCTCTTGGTTATGGATATAATAGAACTATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttgtatagttgatatctgaatggtgtttgtggttcttgctctacccgtgcagcTGTGTGAAGCAAGTGGAAGTTCTCTTGGTTATGGATATAATAGAACTATGAACAAACCCAAATCTCCATCCCCAGATTCATTAGATGAGACTACAGTCTC
        agttgat  putative branch site (score: 5)
                                  ttcttgctctaccc  putative PPT
     tatagtt  TA-rich tract