Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaatgactgttgtagtcttgttttaactggatgacttcaactggcaaagcttgtacccagtttgttttgcttgattttaatttatgtaattaatttgtagGACTATGCCATGGAATCTGATGAGACACGCATATTAAATGCGGCACACTTGATGGTTGCTAGTCTGGCTGGAAGTTTGGCTCATGTTACGTGCAAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G14770.1
intron # 27
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G14770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 27
lower sequence: AT1G02080.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 27
aaatgactgttgtagtcttgttttaac-tggatgacttcaactggcaaagcttgtacccagtttgttttgc-ttgattttaatttatgtaattaatttgtagGACTATGCCATGGAATCTGATGAGACACGCATATTAAATGCGGCACACTTGATGGTTGCTAGTCTGGCTGGAAGTTTGGCTCATGTTACGTGCAAA
|    ||   |  | | || | ||  | |  || ||    |    ||  | ||  | |   ||| |||  | || ||| |  ||| | |  ||    |  |||| || ||| ||||| | |||||| |||| || |  ||||| || |||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||| || ||||| 
actccacaactaaatttttttatttccatttatcacaaacatcttcagggttttgatcttatttatttatcgttaattgttgtttcttt--tttgactccagGATTACGCCCTGGAACCCGATGAGTCACGTATTTATAATGCAGCTCACTTGATGGTTGCGAGTTTAGCTGGGAGTTTGGCTCATGTGACTTGCAAG

upper sequence: GLYMA07G14770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 27
lower sequence: PP1S41_25V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 24
-----------------------------------------------------------------------------------aaatgactgttgtagtcttgttttaactggatgacttcaac--tggca-aagcttgtacccagtttgttttgcttgattttaa--ttt---atgtaatta-----atttgtagGACTATGCCATGGAATCTGATGAGACACGCATATTAAATGCGGCACACTTGATGGTTGCTAGTCTGGCTGGAAGTTTGGCTCATGTTACGTGCAAA
                                                                                    |   | |||| |||    | |||     ||| | |   ||  || ||   | || ||    ||||       || |||| ||  |||    ||| |||      |  || |||| || || |||||| | ||||| || || | |    |  | ||  | |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| 
gtttgtgctatttgtttctatttggtcttttgattcttgcatatggatatagaatgaattgaaatcctagataattacggtttgacctattgttatagataagattttctatgatcattcttacagtgccatgggattatatttggtttaagccttttcatttaaagatttccggtgtcatttttgctacctgcagGATTACGCAATGGAAGCAGATGAAACTCGTACAAACCAGTCTGCCAATTTGATGGTAGCTAGTCTGGCAGGCAGTTTGGCTCATGTCACTTGCAAG

upper sequence: GLYMA07G14770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 27
lower sequence: EFJ17138 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 24
aaatgactgttgtagtcttgttttaactggatgacttcaactggcaaagcttgtacccagtttgttttgcttgattttaatttatgtaattaat--ttgtagGACTATGCCATGGAATCTGATGAGACACGCATATTAAATGCGGCACACTTGATGGTTGCTAGTCTGGCTGGAAGTTTGGCTCATGTTACGTGCAAA
                                                    ||||    |   |||| |  |||     | |||   |    |  ||| |||| |||||| | ||| | || || |   | |   |  || || || |  | |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| 
----------------------------------------------------gtac---atccattttacgcgatgcgcttatataagaccgttcgttgcagGATTATGCCCTTGAAGCGGACGACAATAGAACGCTTCATTCGTCAAATCTAATGGTTGCGAGTTTGGCGGGAAGTTTGGCTCATGTGACGTGCAAG

upper sequence: GLYMA07G14770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 27
lower sequence: EFJ31209 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 24
aaatgactgttgtagtcttgttttaactggatgacttcaactggcaaagcttgtacccagtttgttttgcttgattttaatttatgtaattaat--ttgtagGACTATGCCATGGAATCTGATGAGACACGCATATTAAATGCGGCACACTTGATGGTTGCTAGTCTGGCTGGAAGTTTGGCTCATGTTACGTGCAAA
                                                    ||||    |   |||| |  |||     | |||   |       ||| |||| |||||| | ||| | || || |   | |   |  || || || |  | |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| 
----------------------------------------------------gtac---atccattttacgcgatgcgcttatataagaccgtccgttgcagGATTATGCCCTTGAAGCGGACGACAATAGAACGCTTCATTCGTCAAATCTAATGGTTGCGAGTTTGGCGGGAAGTTTGGCTCATGTGACGTGCAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaagcttgtacccagtttgttttgcttgattttaatttatgtaattaatttgtagGACTATGCCATGGAATCTGATGAGACACGCATATTAAATGCGGCACACTTGATGGTTGCTAGTCTGGCTGGAAGTTTGGCTCATGTTACGTGCAAA
                                          aattaat  putative branch site (score: 3)
               tttgttttgcttgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaatgactgttgtagtcttgttttaactggatgacttcaactggcaaagcttgtacccagtttgttttgcttgattttaatttatgtaattaatttgtagGACTATGCCATGGAATCTGATGAGACACGCATATTAAATGCGGCACACTTGATGGTTGCTAGTCTGGCTGGAAGTTTGGCTCATGTTACGTGCAAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - -actgttg
- - - - - - - - - - - - - -tggatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcttgta