Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatataaaaaggatatctctttcatgcaagatccttcctcaaaaaataaatgaacaaataactttgtgatatttaagcagGTATGTGCAAGTGTTTCATCTGAATCCATAAATATGACCGAGCTTCAACAATGGAACGAACTATACGGTGAAGGTGGTTCAAGAGTAAAAAAAGCACTAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G17940.1
intron # 27
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8670294|gb|BE191401.1|BE191401
EST:     GAGATATCCGATCTTTAAACATGGAAGATTTCAAATATGCTCATCAACAG                         GTATGTGCAAGTGTTTCATCTGAATCCATAAATATGACCGAGCTTCAACAA
genomic: GAGATATCCGATCTTTAAACATGGAAGATTTCAAATATGCTCATCAACAGgtatataaaa ... atttaagcagGTATGTGCAAGTGTTTCATCTGAATCCATAAATATGACCGAGCTTCAACAA
EST: gi|151404219|gb|EV274029.1|EV274029
EST:     GAGATATCCGATCTTTAAACATGGAAGATTTCAAATATGCTCATCAACAG                         GTATGTGCAAGTGTTTCATCTGAATCCATAAATATGACCGAGCTTCAACAA
genomic: GAGATATCCGATCTTTAAACATGGAAGATTTCAAATATGCTCATCAACAGgtatataaaa ... atttaagcagGTATGTGCAAGTGTTTCATCTGAATCCATAAATATGACCGAGCTTCAACAA
EST: gi|193339302|gb|FK305265.1|FK305265
EST:     GAGATATCCGATCTTTAAACATGGAGGATTTCAAATATGCTCATCAACAG                         GTATGTGCAAGTGTTTCATCTGAATCCATAAATATGACCGAGCTTCAACAA
genomic: GAGATATCCGATCTTTAAACATGGAAGATTTCAAATATGCTCATCAACAGgtatataaaa ... atttaagcagGTATGTGCAAGTGTTTCATCTGAATCCATAAATATGACCGAGCTTCAACAA
EST: gi|10237116|gb|BE806004.1|BE806004
EST:     GAGATATCCGATCTTTAAACATGGAAGATTTCAAATATGCTCATCAACAG                         GTATGTGCAAGTGTTTCATCTGAATCCATAAATATGACCGAGCTTCAACAA
genomic: GAGATATCCGATCTTTAAACATGGAAGATTTCAAATATGCTCATCAACAGgtatataaaa ... atttaagcagGTATGTGCAAGTGTTTCATCTGAATCCATAAATATGACCGAGCTTCAACAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcaagatccttcctcaaaaaataaatgaacaaataactttgtgatatttaagcagGTATGTGCAAGTGTTTCATCTGAATCCATAAATATGACCGAGCTTCAACAATGGAACGAACTATACGGTGAAGGTGGTTCAAGAGTAAAAAAAGCACTAA
                              aaataac  putative branch site (score: 2)
               aaaaaataaatgaaca  TA-rich tract